chip-seq

1.ChIP-seq简介 染色质免疫共沉淀技术（Chromatin-immunoprecipitation）也称结合位点分析法，被用于蛋白质与DNA的交互作用。该技术将染色质免疫沉淀与大规模并行DNA测序相结合起来鉴定与DNA相关蛋白结合部位。其可被用于精确绘制任意目的蛋白在全基因组上的结合位点。 主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生藕联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合沉淀之后，回收其中的RNA片段，经过加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序。 2.一般生物信息分析流程为： 2.1 质量控制 2.2 比对 2.3 结合峰检测 结合峰（peak）是通过算法识别的富集区域，即识别的蛋白结合位点。将测序数据与参考基因组进行比对， 然后使用软件对匹配到基因组上的短序列进行富集区域的扫描。通常，扫描到的富集区即被认为是蛋 白质与DNA 相互结合的区域。用于结合峰检测的软件最常用的有MACS2和Piranha。 软件：Piranha，参考文献： Site identification in high-throughput rna–protein interaction data. 软件：MACS2，参考文献：Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS). 软件比对参考文献： A practical

ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.Differential analysis 5.Peak gene 6.Pathway analysis 7.Data visualization 1.Alignment base calling——Off-Line Basecaller software (OLB V1.8.0). Solexa CHASTITY quality filter【质量控制】 http://www.genomics.agilent.com/article.jsp?pageId=2213 BOWTIE software (V2.1.0) 2.Peak detection MACS v1.4 p-value 10^-5 3.Peak annotation UCSC RefSeq Peaks annotation TSS distribution heatmap Peak Distribution around TSS peak Distribution Pie Charts Peaks in promoter 1. GO analysis www.geneontology.org Biological

chip-seq 流程图 书籍资料 工具 UCSU 安装 使用 原理 手册 Swiss在线分析工具 短序列比对工具 BWA 流程 格式处理 序列比对 peak-calling motif 可视化 输出文档 上下游分析 chip-seq 流程图 【怪毛匠子】 【独家整理-怪毛匠子】 书籍资料 生物信息学 许忠能 生物信息学 ——计算的视角 李岭 译 工具 UCSU http://genome.ucsc.edu 安装 获得源文件 http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/Download.html MACS-1.4.2-1.tar.gz http://github.com/downloads/taoliu/MACS/MACS-1.4.2-1.tar.gz 解压缩文件生成MACS-1.4.2文件夹 tar xvzf MACS-1.4.2-1.tar.gz cd MACS-1.4.2 python setup.py install –prefix /your_directory/ prefix用于指定安装目录 修改环境变量：（使用sudo可以不用设置环境变量。。。） export PATH = /your_directory/bin:$PATH export PYTHONPATH = /your_directory/lib/python2.X/site