一、建模流程（modelling procedure）：
1.美国数据库下载amc、cif文件：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
2.导入vesta转成pdb1文件
3.再将pdb1文件放到vmd转成pdb2文件
（1）测模型中心点的坐标，
命令： set sel [atomselect top all]
measure center $sel
中心点：1.5594003200531006 4.472419738769531 6.06.083080291748047
（2）測量周期最大最小边界
set everyone [atomselect top all]
measure minmax $everyone
（3）get the scale of our box（盒子尺寸）：
measure minmax $sel
X：-2.062 to 5.181 y：0 to 8.945 z：0 to 12.166
4.将pdb2文件和所需建模文件（如：water文件）， 一并放到有packmol.exe的文件夹里
5.写好inp文件
6.打开cmd，输入计算命令packmol.exe<xx.inp，即可得到所需模型的pdb3文件。
* packmol建模流程的操作视频链接：
链接：https://pan.baidu.com/s/1rq3js1cvbMHBWWJXhu6-hA
提取码：xu08
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二、Modify the charge of atom
# modify charge：
set 0 [atomselect top "name O"]
$0 set charge -1.0500
set 1 [atomselect top "name Al"]
$1 set charge 1.700
set 2 [atomselect top "name Si"]
$2 set charge 2.2700
set 3 [atomselect top "name Ca"]
$3 set charge 1.48
set sel [atomselect top all]
$sel writepsf m1.psf
$sel writepdb m1.pdb
mol load psf m1.psf pdb m1.pdb
topo writelammpsdata m1.data
三、VMD用到几条重要命令
1.# get the scale of our box：
measure minmax $sel
2.测模型中心点的坐标，命令：
set sel [atomselect top all]
measure center $sel
3.
#1.将模型各原子赋予电荷，用vmd命令——source charge.tcl
#lammps计算时肯定会显示电荷不呈中性，所以data中电荷还需要修改，平衡电荷后还能成为最终的data：
#法一：excel：excel---数据----导入外部数据-----导入数据-------选择文本文件1.txT--------选中固定宽度后点击下一步------下一步------完成-------选择表中存放位置
#4.上一步中的data 还需要把盒子参数写进去，source charge.tcl中最后一个命令已算出
四、计算命令：
计算命令：
lmp-mpi < mmt.in >mmt.out &
lmp_mkl < mmt.in >mmt.out
& 查看计算状态：
“top” 进入后台
“q” 退出来
“Ctrl+ C” 停止计算（前台）
“kill+编号” 停止计算（后台）
来源：oschina
链接：https://my.oschina.net/u/4369994/blog/4366111