vesta

一、建模流程（modelling procedure）： 1.美国数据库下载amc、cif文件：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php 2.导入vesta转成pdb1文件 3.再将pdb1文件放到vmd转成pdb2文件 （1）测模型中心点的坐标， 命令： set sel [atomselect top all] measure center $sel 中心点：1.5594003200531006 4.472419738769531 6.06.083080291748047 （2）測量周期最大最小边界 set everyone [atomselect top all] measure minmax $everyone （3） get the scale of our box（盒子尺寸）： measure minmax $sel X：-2.062 to 5.181 y：0 to 8.945 z：0 to 12.166 4.将pdb2文件和所需建模文件（如：water文件）， 一并放到有packmol.exe的文件夹里 5.写好inp文件 6.打开cmd，输入计算命令packmol.exe<xx.inp，即可得到所需模型的pdb3文件。 * packmol建模流程的操作视频链接： 链接：https://pan.baidu.com/s

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一、总体思路 1）写入INCAR； 2）写入POSCAR，就是坐标文件； 3）写入KPOINTS文件，就是K点的选择； 4）写入POTCAR，写入POTCAR（找到势文件，然后按照POSCAR中的元素顺序把Cr和I元素的POTCAR写在一起） 命令如下：（会生成一个POTCAR的势文件） cat Cr/POTCAR>>POTCAR cat I/POTCAR>>POTCAR 提交脚本，运行。 二、POSCAR的生成 1.从 晶体库 中下载POSCAR文件或者先下载CIF文件在用 VEST软件 转换成POSCAR文件： https://www.materialsproject.org/ http://aflowlib.org/ http://www.oqmd.org/ 2.查到这个物质结构的文献，可从Gemlin和贝尔斯坦数据库得到文献的信息， 然后看这篇文章的 Supporting Information ，就能找到cif文件了。 3.我们需要得到VASP里计算CrI3所需的POSCAR，主要是晶格的基矢（原胞的三边）和基元中每个原子的位置。 一种方法是手写，根据实验上得到的晶格常数，如 Rhombohedral 惯用晶胞中的 a 和 c 值，去计算得到POSCAR里所需的各个数值。 不过这操作起来可能不太容易。另一种方法就是 用已知的，同样的结构的晶格的 POSCAR

http://www.fobgavin.com/mobaxterm-instruction-1.html 在上一篇文章中，嘉维介绍了Xshell、MobaXterm等5款主流SSH客户端对比，并且最终选择了MobaXterm作为我们个人站长的首选SSH客户端。主要原因就是基于MobaXterm强大且丰富的功能，并且还都是免费的。这一篇MobaXterm详细使用教程，我们来介绍一下如何设置并用MobaXterm来连接Linux服务器。 MobaXterm 又名 MobaXVT，是一款增强型终端、X 服务器和 Unix 命令集(GNU/ Cygwin)工具箱。 MobaXterm 可以开启多个终端视窗，以最新的 X 服务器为基础的 X.Org，可以轻松地来试用 Unix/Linux 上的 GNU Unix 命令。这样一来，我们可以不用安装虚拟机来试用虚拟环境，然后只要通过 MobaXterm 就可以使用大多数的 linux 命令。MobaXterm 还有很强的扩展能力，可以集成插件来运行 Gcc, Perl、Curl、Tcl / Tk / Expect 等程序。 MobaXterm 分免费开源版和收费专业版。官网提供 MobaXterm 的免费开源版 “Home Edition” 下载, 免费开源版又分绿色免安装版(解压即用)和安装版(需要一步步安装)。MobaXterm 免费版