vcf

1、下载、安装 phylip软件 官网： http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html wget http: // evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz tar -xzvf phylip-3.697.tar.gz cd phylip-3.697/ cd src/ make -f Makefile.unx install 安装成功的标志。 可执行程序在exe路径下： 2、下载测试数据 ，提取一小部分进行测试： 链接：https: // pan.baidu.com/s/1VxgJK5asCEjukOeA1V5rlg 提取码：e69n head -n 5 test.ped | cat - <(tail -n 5 test.ped) > a && mv a test.ped 3、参考 下面文章进行 构建进化树 https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856 样本ID必须是10个字符，这点很重要！！！使用如下命令修改： ##把间隔符改为tab plink --file test --recode tabx --sheep -- out test;rm -f *.log * .nosex ##把个体ID调整为10个字符

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下载GATK中存储的snp vcf文件 写这篇文章的目的是为了以后不迷路，哈哈。我可是花了很长时间二次查找。 GATK是我们在找somatic snp时经常会用到的工具，它可以对可能存在小插入或者缺失的位点进行重新排列和校准! GATK里存储了很多版本的vcf文件 以下载hg38版本为例 网址为ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/hg38/ 我们可以在服务器上直接下载 wget -b -c ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/hg38/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf.gz wget -b -c ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/hg38/dbsnp_138.hg38.vcf.gz wget -b -c ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/hg38/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf.gz wget -b -c表示后台断点式下载，这样就不用担心网断的问题了。 tail -f wget-log 可以查看下载进度 来源

GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0 .zip 2 unzip gatk-4.1.5.0.zip GATK 简单说明 1 # # 帮助信息 2 gat -- help 3 4 # # 列出所有的工具 5 gatk -- list 6 7 # # 工具的说明，比如以VariantAnnotator 为例 8 gatk VariantAnnotator --help GATK分析简要流程 所需数据 ： ref.fa reads1.fq reads2.fq 建立索引 1 bwa index ref.fa 2 samtools faidx ref.fa 3 gatk CreateSequenceDictionary -R ref.fa - O ref.dict 4 5 # # 6 -R Input reference fasta or fasta.gz Required 7 -O 输出文件 比对 1 # # bwa 比对 2 bwa mem -t 4 -R ' @RG\tID:id1\tPL:illumina\tSM:test ' ref.fa test_1.fq test_2.fq

见命令： bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 　　参考链接：http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge 来源： oschina 链接： https://my.oschina.net/u/4279418/blog/4332451

丹尼索瓦人： http://cdna.eva.mpg.de/denisova/VCF/human/ 尼安德特人： http://cdna.eva.mpg.de/neandertal/altai/AltaiNeandertal/VCF/ 多个古人的数据集合： http://genetics.med.harvard.edu/reichlab/Reich_Lab/Datasets.html https://bioinf.eva.mpg.de/jbrowse/?loc=1%3A6093255..6093320&tracks=hg19_1000g%2CENSEMBL67&highlight= 西蒙斯基因组多样性计划（SGDP）； https://reichdata.hms.harvard.edu/pub/datasets/sgdp/ ensembl的各大物种： http://ftp.ensembl.org/pub/ 黑猩猩等灵长类动物基因组： https://uswest.ensembl.org/Pan_troglodytes/Location/Variant/Table http://map4.nig.ac.jp/cgi-bin/gb2/gbrowse/chimpanzee/ http://biologiaevolutiva.org/greatape/data.html https:/