samtools

  有时候我们需要使用C++处理bam文件，比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列，根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等，这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件，是samtools、bcftools的核心库。 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <htslib/sam.h> using namespace std; #define bam_is_read1(b) (((b)->core.flag&BAM_FREAD1) != 0) uint8_t Base[16] = {0,65,67,0,71,0,0,0,84,0,0,0,0,0,0,78}; int main(int argc, char **argv) { bam_hdr_t *header; bam1_t *aln = bam_init1(); samFile *in = sam_open(argv[1], "r"); htsFile *outR1 = hts_open(argv[2], "wb"); header = sam_hdr_read(in); if (sam_hdr_write(outR1, header) < 0) { fprintf

源自：http://sanwen.net/a/hirxmpo.html samtools是一系列处理bam和sam格式文件的应用程序集合，具有众多的功能。 首先呢，bam和sam文件主要是bwa、bowtie、tophat等序列比对工具产生的，这些软件我们后面会谈到。 软件下载安装： 地址：https://sourceforge.net/projects/samtools/ 解压下载后的压缩文件，然后你会看到README文件，里面有详细的安装操作说明。 安装成功后，运行samtools，你会看到： 目前最新版本是1.3.1 下面我们针对samtools的主要命令以及参数做个实例演示。 操作文件下载： wget http://popgen.dk/software/download/angsd/bams.tar.gz 解压后，在bams文件夹下，你会看到10个bam文件： 名字太复杂，进行批量重命名 rename "s/.mapped.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20111****14.bam//" * 结果如下： 1、view 主要功能：sam和bam文件之间相互转换，针对bam文件进行相关操作。bam文件是sam文件的二进制格式，占据内存较小且运算速度快。 查看view的主要参数： 重要参数释义： -b：输出bam格式，用于后续分析 -C

1.find_circ的安装 #find_circ需要运行在装有python 2.7的64位系统上，同时需要安装numpy和pysam这两个python模块。其运行需要借助bowtie2和samtools来完成基因组mapping的过程。 wget https://github.com/marvin-jens/find_circ/archive/v1.2.tar.gz tar -xzvf v1.2.tar. gz 2.参考基因组的下载 #通过fetch_ucsc.py下载ucsc最新版本的参考基因组 fetch_ucsc.py hg19/hg38/mm9/mm10 ref/kg/ens/fa out 3.bowtie2建立参考基因组索引 bowtie2_build hg38.fa hg38 4.基于RNA-Seq的基因组比对（pair-end模式） ### bowtie2 参数介绍 ### -p 使用多线程；--very-sensitive 允许多重比对，报告出最好的一个；--score-min=C,-15,0 设置比对分数函数；--mm 设置I/O模式。 ### samtools view 参数介绍 ### -h 文件包含header line；-b 输出bam格式；-u 输出非压缩的bam格式 –S 忽略版本兼容 bowtie2 -p 16 --very-sensitive -

可以将文章内容翻译成中文,广告屏蔽插件可能会导致该功能失效(如失效，请关闭广告屏蔽插件后再试): 问题: I am trying to install a perl module Bio::DB::Sam on my home directory on a remote server. I downloaded the module, extracted the files, and ran: perl Build.pl prefix=~/local this is what happens next: This module requires samtools 0.1.10 or higher (samtools.sourceforge.net). Please enter the location of the bam.h and compiled libbam.a files: **/some_places/samtools-0.1.19** Found /some_places/samtools-0.1.19/bam.h and /some_places/samtools-0.1.19/libbam.a. Created MYMETA.yml and MYMETA.json Creating new 'Build' script for 'Bio-SamTools'

先进入源码文件夹下指定安装路径 　　./configure --prefix=/public/home/ztu/usr/samtools 编译 make 安装 make install 写入环境变量 vim ～/.bashrc 键入： export PATH=$PATH:/public/home/ztu/usr/samtools/bin/ wq保存更改退出vim 再激活： source .bashrc 正常情况下，就可以成功安装了。其他软件同理。 来源： https://www.cnblogs.com/acm-icpcer/p/11767852.html

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。 faidx: 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。 对基因组文件建立索引 $ samtools faidx genome.fasta 生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件，分成了5列。第一列是子序列的名称； 第二列是子序列的长度； 最后的数字是genome.fasta文件的大小；第4和5列不知是啥意思。通过此文件，可以定位子序列在fasta文件在磁盘上的存放位置，直接快速调出子序列。 由于有索引文件，可以使用以下命令很快从基因组中提取到fasta格式的子序列 $ samtools faidx genome.fasta scffold_10 > scaffold_10.fasta 参考来源： http://www.chenlianfu.com/?p=1399 来源： https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/11647144.html