samtools

1、到github上下载最新版本 https://github.com/abyzovlab/CNVnator/releases 2、先看INSTALL文件，要求以下依赖，我的机器上已经安装了前两个，所以直接跳过，这里我就不提了 GNU make C compiler (e.g. gcc or clang) CERN ROOT (https://root.cern.ch) samtools with HTSlib GNU readline library 3、先编译samtools和htslib，因为需要用的samtools中的一些 .h 的文件，因此需要下载包含源文件的samtools，下载链接： http://www.htslib.org/download/ ，此时我下载的是 1.9 ，下载之后放到一个目录下， 解压 有文章说编译samtools之前一定要确定安装 ncurses* ，这个我也不确定是不是必须的，反正我安装了下： 参考： https://www.codetd.com/article/6237849 yum -y install ncurses* 然后开始安装samtools ， make ，如果没有Makefile 文件，则先编译 ./configure 然后 cd htslib-1.9 make ，如果没有Makefile 文件，则先 ./configure

一般来说,一个 bam 文件通常只包含一个样本的信息,最多需要进行染色体位置的处理, samtools 也提供了简单的处理方式,比如要提取 chr1的reads, 只需要: samtools view input.bam ch1 这几天遇到了 10x genomics 的 bam 结果,发现单细胞的reads全包含在一个 bam 文件里,用 barcode 进行区分,因此可能就需要提取其中的信息,比如提起某一个细胞的reads,那么可以: samtools view possorted_genome_bam.bam -h | sed -n "/^@\|TCTGAGAAGAAACCAT-1/p" | samtools view -b > result.bam 其实就是多了 sed 的处理过程 ,之所以加以记录,是因为在处理过程中 samtools -h 保留的 header 在将 sam 结果转化会 bam 格式是必须的,以防下次忘记. 来源： https://www.cnblogs.com/wwdPeRl/p/11379312.html