Samtools

两盒软妹~` 提交于 2019-12-01 01:59:47

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。

faidx: 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。

对基因组文件建立索引
$ samtools faidx genome.fasta
生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。第一列是子序列的名称;
第二列是子序列的长度;
最后的数字是genome.fasta文件的大小;第4和5列不知是啥意思。通过此文件,可以定位子序列在fasta文件在磁盘上的存放位置,直接快速调出子序列。

由于有索引文件,可以使用以下命令很快从基因组中提取到fasta格式的子序列
$ samtools faidx genome.fasta scffold_10 > scaffold_10.fasta

参考来源:

http://www.chenlianfu.com/?p=1399

标签
易学教程内所有资源均来自网络或用户发布的内容,如有违反法律规定的内容欢迎反馈
该文章没有解决你所遇到的问题?点击提问,说说你的问题,让更多的人一起探讨吧!