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TIMER+TISIDB分析肿瘤免疫浸润

由 …衆ロ難τιáo~ 提交于 2021-02-17 12:46:51
生 信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。 我们介绍过，TIMER和TISIDB数据库都是做肿瘤免疫浸润分析的神器，但是数据库之间的组合是非常有讲究的。那么，怎样用好肿瘤免疫数据库呢？这篇文章以前分享过，值得重新学习。 影响因子4分+。 文章题目 摘要部分 正文部分。 先 是开源数据与课题组数据结合的情况，在纯生信论文越来越多的背景下，这种数据展示形式会更加普遍。 即使在顶级期刊，这种形式也很多见，也体现研究的科学性，增加数据的可 信 度。 首先是三线图的临床数据，用PPT就可以完成。 GEO数据和TCGA数据的Meta分析，结合HPA数据库的病理染色结果， 从mRNA水平到蛋白水平，该实验结果很有层次感（其实要是再有RT-PCR的实验结果就更好了） 。上述TCGA数据和GEO数据可以通过ONCOMINE数据设定条件，然后筛选出相应的数据，再进行meta分析，数据要用作图软件Graghpad Prism。 基因表达差异与病理分析，存活率之间的相关性

TIMER+TISIDB分析肿瘤免疫浸润

由 孤人 提交于 2021-02-17 12:19:33
生 信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。 我们介绍过，TIMER和TISIDB数据库都是做肿瘤免疫浸润分析的神器，但是数据库之间的组合是非常有讲究的。那么，怎样用好肿瘤免疫数据库呢？这篇文章以前分享过，值得重新学习。 影响因子4分+。 文章题目 摘要部分 正文部分。 先 是开源数据与课题组数据结合的情况，在纯生信论文越来越多的背景下，这种数据展示形式会更加普遍。 即使在顶级期刊，这种形式也很多见，也体现研究的科学性，增加数据的可 信 度。 首先是三线图的临床数据，用PPT就可以完成。 GEO数据和TCGA数据的Meta分析，结合HPA数据库的病理染色结果， 从mRNA水平到蛋白水平，该实验结果很有层次感（其实要是再有RT-PCR的实验结果就更好了） 。上述TCGA数据和GEO数据可以通过ONCOMINE数据设定条件，然后筛选出相应的数据，再进行meta分析，数据要用作图软件Graghpad Prism。 基因表达差异与病理分析，存活率之间的相关性

聊聊gost的GoSafely

由 梦想的初衷 提交于 2021-02-17 11:41:33
序 本文主要研究一下gost的GoSafely GoSafely gost/runtime/goroutine.go func GoSafely(wg *sync.WaitGroup, ignoreRecover bool, handler func(), catchFunc func(r interface{})) { if wg != nil { wg.Add(1) } go func() { defer func() { //...... }() handler() }() } GoSafely接收WaitGroup、ignoreRecover、handler、catchFunc参数，其大致的模板是，首先对WaitGroup进行add(1)，然后一步执行带defer的handler defer gost/runtime/goroutine.go defer func() { if r := recover(); r != nil { if !ignoreRecover { fmt.Fprintf(os.Stderr, "%s goroutine panic: %v\n%s\n", time.Now(), r, string(debug.Stack())) } if catchFunc != nil { //...... } } if wg != nil { wg.Done()

How can I iterate over a string by runes in Go?

由 ▼魔方 西西 提交于 2021-02-17 11:12:28
问题 I wanted to this: for i := 0; i < len(str); i++ { dosomethingwithrune(str[i]) // takes a rune } But it turns out that str[i] has type byte ( uint8 ) rather than rune . How can I iterate over the string by runes rather than bytes? 回答1: See this example from Effective Go : for pos, char := range "日本語" { fmt.Printf("character %c starts at byte position %d\n", char, pos) } This prints : character 日 starts at byte position 0 character 本 starts at byte position 3 character 語 starts at byte position

How can I iterate over a string by runes in Go?

由 笑着哭i 提交于 2021-02-17 11:11:01
问题 I wanted to this: for i := 0; i < len(str); i++ { dosomethingwithrune(str[i]) // takes a rune } But it turns out that str[i] has type byte ( uint8 ) rather than rune . How can I iterate over the string by runes rather than bytes? 回答1: See this example from Effective Go : for pos, char := range "日本語" { fmt.Printf("character %c starts at byte position %d\n", char, pos) } This prints : character 日 starts at byte position 0 character 本 starts at byte position 3 character 語 starts at byte position

为什么需要API网关？

由 为君一笑 提交于 2021-02-17 08:30:59
目录 0:00 微服务与网关（Microservices & API Gateways） 大家好，我叫Macro，今天我们谈论有关微服务和网关的话题。我是Mashape的CTO,也同时是开源网关Kong的开发者之一。Kong是一个API网关，今天我们就来窥探一下它究竟是怎么工作的以及它如何运用到你的微服务架构中去。 0:23 主题（Topics） 为了明白我们为什么需要API网关，我将从单体架构vs微服务架构谈起。这两个有什么不同点呢？然后我会介绍API网关模式以及它是如何适应“面向微服务”的架构的。然后我们会讨论Kong以及NGINX。 0:47 单体架构（Monolithic Architecture） Ok，过去几年我们目睹的一件事就是从单体应用到面向微服务的架构的过渡。我们都熟悉单体应用程序，以及它们通常的工作原理，这是一个简单的展示。我们把所有的东西都放到一块。而且通常也只有一个数据存储。 通过在多个服务器上重复部署相同的巨大代码块，可以横向扩展单体应用程序。所以每次我们调整应用程序时，我们其实相当于是在改动这些被放在一起的所有的模块，因为他们是一体的。 1:45 单体应用的优缺点（Monolithic Application Pros and Cons） 每一种做法，都有利弊。单体应用程序可以比较容易地构建，而且是以更小的代码库来开始

Too few values in struct intializer error

由 别等时光非礼了梦想. 提交于 2021-02-17 07:22:31
问题 i am getting the error, too few values in struct initialiser at line clusters = append(clusters, Cluster{Point{rand.Float64()}, []Point{}}) the function that throws the error is below. func initClusters(k int) (clusters []Cluster) { rand.Seed(time.Now().UnixNano()) for i := 0; i < k; i++ { clusters = append(clusters, Cluster{Point{rand.Float64()},[]Point{}}) } return } i am putting k = 3, the cluster struct defined is type Cluster struct { Center Point Points []Point } and the point is also a

why structure does not implement interface [closed]

由 耗尽温柔 提交于 2021-02-17 07:16:49
问题 Closed. This question is not reproducible or was caused by typos. It is not currently accepting answers. Want to improve this question? Update the question so it's on-topic for Stack Overflow. Closed 9 months ago . Improve this question package main import ( "fmt" ) type UserInput interface { Add(rune) GetValue() string } type NumericInput struct { input string } func (u NumericInput) Add(x interface{}) { switch v := x.(type) { case int: fmt.Println("int:", v) case float64: fmt.Println(

Kubernetes 1.15版本正式发布，kubeadm喜提新logo

由 ╄→尐↘猪︶ㄣ 提交于 2021-02-17 07:12:23
导读： 美国时间 2019 年 6 月 19 日，Kubernetes发布了今年第二大版本 Kubernetes 1.15 ，此次版本共更新加强了 25 个相关功能，其中 2 个升级到 GA 版本， 13 个升级到 beta 版， 10 个 alpha 版。 1.15 版本的发布主题是：持续改进和可扩展性。 持续改进： 项目可持续性不仅仅与功能有关。许多SIG一直致力于提高测试覆盖率，确保基础功能持续可靠，核心功能持续稳定。 可扩展性： Kubernetes 社区一直致力于支持可扩展性。 1.15 版本发布周期中包含更多关于CRD和 API Machinery 的工作。此次周期中的大多数增强功能来自SIG API Machinery及相关领域。 更深入了解此次版本主要功能： 围绕核心 Kubernetes API的可扩展性 在 CRD 新开发的主题是围绕者数据一致性和原生性。用户考虑重点不会放在是CustomResource还是使用 Golang 原生资源。在下个版本或后续版本中，将会升级 CRD 和 admissio webhooks 到 GA 版本。 在这个方向上，社区重新考虑了CRD中基于 OpenAPI 的验证模式，并且从 1.15 开始，我们根据称为“ structural schema ”的限制检查每个资源

How to known a function of a interface is not realized? [duplicate]

由 为君一笑 提交于 2021-02-17 07:12:05
问题 This question already has answers here : Go reflection with interface embedded in struct - how to detect “real” functions? (5 answers) Closed last year . I just tried the following code in Go. package main type inter interface { aaa() int } type impl struct { inter } func main() { var a inter a = impl{} // how to check the function for interface `inter` is not realized? a.aaa() } It can be go build and go run . But will receive a panic like: panic: runtime error: invalid memory address or nil
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