perl

在第4节开始之前，先来一段插曲。在上一节中，我们说到可以使用Trimmomatic、sickle、seqtk或者SOAPnuke对fastq数据进行过滤。那么也许你会好奇，那他们都有什么特点，都一样好吗或是有哪些差异之处？正所谓，工欲善其事必先利其器，所以这篇文章将会与你一起来解开这几个问题。 因为Trimmomatic的安装已经在 第3节 数据质控 中说的比较清楚了，这里就不再赘述。那么， 先说SOAPnuke的安装，你有两种方式： 第一，确保你的系统中有automake。由于SOAPnuke还使用了多个第三方的c++ 程序库，包括 但不限于 ： boost，log4cplus和openssl。因此，需要在你的系统中先安装好这几个库，并修改SOAPnuke代码包的CMakeLists.txt，重新指定里面这几个程序包的路径。同时还需要把上述包的include目录链接到CMakeList.txt中指定的目录（或者你也可以修改到其他目录）下。此外，如果上述三个包的静态库没在默认路径下，那么。。。你还得找到它们，然后修改路径，并涉及到少量代码的修改，再进行编译，然后祈祷。。。至于第三方程序库的安装方法都可以在网上找到。但特别指出一点，建议使用源码安装（特别是log4cplus），防止有些包默认不产生静态链接库。另外，版本不对也会报各种error，包括编译器的error

本来不想写任何关于 vim的文章的，无奈我今天又忘记怎么退出 vim 了，常用命令是ESC，然后:wq（保存并退出），:q!(不保存并强制退出），i进入vim模式。另外还有其它的，我可能都不会用到。。。 按ESC键 跳到命令模式，然后： :w 保存文件但不退出vi :w file 将修改另外保存到file中，不退出vi :w ! 强制保存，不推出vi :wq 保存文件并退出vi :wq ! 强制保存文件，并退出vi q: 不保存文件，退出vi :q ! 不保存文件，强制退出vi :e ! 放弃所有修改，从上次保存文件开始再编辑 命令历史 以:和/开头的命令都有历史纪录，可以首先键入:或/然后按上下箭头来选择某个历史命令。 启动vim 在命令行窗口中输入以下命令即可 vim 直接启动vim vim filename 打开vim并创建名为filename的文件 文件命令 打开单个文件 vim file 同时打开多个文件 vim file1 file2 file3 ... 在vim窗口中打开一个新文件 :open file 在新窗口中打开文件 :split file 切换到下一个文件 :bn 切换到上一个文件 :bp 查看当前打开的文件列表，当前正在编辑的文件会用[]括起来。 :args 打开远程文件，比如ftp或者share folder :e ftp://192.168.10.76