open mpi

注意编译过程中需要海量的内存(>=64GB for -j 24)。 硬件环境 CPU: 50 cores 内存： 80GB 1. 安装依赖 yum install boost-devel libstdc++ zlib zlib-devel bzip2 2. 编译器的选择 使用GCC编译器 最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性，因此我们需要更新系统自带的gcc编译器。如果使用gcc-8.21, 完全可以编译通过Rosetta. CentOS 7.8升级gcc-8.2 使用Clang编译器 版本Clang 3.4.2, 此外你需要额外编译clang版本的openmpi。clang3.4完全兼容C++11 regex。推荐使用！并且更加灵活和快速。 yum install epel-release yum install clang clang-devel clang-analyzer 3.OpenMPI的编译与安装 GCC编译环境: CentOS 7.8安装OpenMPI3.1.0 环境变量配置： vim ~/.bash_profile #OpenMPI export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi/bin export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib source ~/.bash_profile

Environment Modules 简明教程 1. Modules 简介 在 Linux 超算平台上，通常会安装有不同版本的多种编译器和其他软件等，如常用的编译器有 intel 和 gnu，常用的 MPI 并行库包括 intel mpi，openmpi，mpich2 等，而且对于同一软件，还包含不同的版本或采用不同编译设置得到的可执行程序和链接库等。在使用这些程序时，经常需要对环境变量进行修改。并且由于程序编译时会调用不同类型编译器或第三库，这时程序之间还存在着依赖关系。这使得当执行某个特定版本的程序时，环境变量的修改变得十分复杂。 Environment Modules 包是一个简化 shell 初始化的工具，它允许用户在使用 modulefiles 进行会话期间轻松修改其环境。每个模块文件都包含为应用程序配置 shell 所需的信息。模块文件可以由系统上的许多用户共享，并且用户可以拥有自己的集合来补充或替换共享模块文件。 2. Modules 安装 Modules 可直接采用源码安装方式，在 Modules 官网 下载最新4.2.1版本的源代码。在 Terminal 中输入如下命令安装 Modules 软件 # modules 安装目录 INSTALL_PATH=${HOME}/opt/modules-4.2.1/ tar -xvf modules-4.2.1.tar #