itk

一、介绍 　　获取DRR图像是医疗图像配准里面的一个重要的前置步骤。 　　在2D/3D的配准流程里面，需要首先通过CT三维图像，能够获取任意位置的DRR图像，然后去与已经获取的X光平面图像配准。 　　配准过程如下（下面的描述是不准确的，我只是描述了一种情况，即基于灰度的图像配准算法的过程，并且可能会有纰漏）： 　　1- 定义一个评价函数：即相似性测度函数，通过这个函数评价当前是否已经达到了配准的要求。 　　2- 不断通过调整输入参数得到不同角度下的DRR图像。 　　3-通过1里面的评价函数判断是否停止搜索 　　实际上这是一个循环，终止条件就是是否满足相似性测度函数。 　　具体流程可以参考下面的流程图： 　　 二、DRR例子运行 　　在ITK5.0里面有一个相关的例子，我也是跑了好久才把程序跑通的，跑通以后就觉得做了许多的无用功...... 　　说到底还是菜，跑一个程序就要两周，醉了（好吧，吐槽完毕^-^） 　 1-找到例子，构建工程 　　按照之前第一个 博客 的过程安装ITK之后，我们找到这个例子所在的位置： 　　 ITK-5.0/Examples/Filtering/DigitallyReconstructedRadiograph1.cxx 例子的代码也可以在这里找到： 　　 https://itk.org/Doxygen/html/Examples_2Filtering

ITK读取裸数据方法 关键词：ITK、裸数据、MRIcro、itk::RawImageIO ITK多用于医学图像的配置和分割，所以其对DICOM文件读写操作的支持是很好的(ITK内部使用GDCM对DICOM文件进行操作，有关GDCM的信息可直接访问其主页： 点击打开链接 获取更多信息)，但很多时候，特别是做研究的，往往会把处理后的数据以裸数据的形成临时保存，以便进行其它后续操作，而在ITK关于IO的例子中没有关于读取裸数据的信息。使用GOOGLE检索后，得到一条很有用的信息，自己测试了下，把自己翻译和测试的代码记录下来。 1、裸数据的获得 将DICOM文件转化为裸数据的方法很多，使用现成的软件---MRIcro进行转化是最简单的方法，MRIcro的主页： http://www.mccauslandcenter.sc.edu/mricro/mricro/mricro.html ，在其主页的 Installation 部分可以下载到安装文件，具体讲DICOM文件转化为裸数据的方法可以查看MRIcro的使用说明，如果还不会，可以联系我。另外建议使用DCMTK软件包来读取和保存DICOM文件中的数据信息，很简单，也很方便，可以作很多的中间处理，代码量也很少，可以参考DCMTK的说明文档。如果你使用MRIcro来转化，那么转化之后会产生两个文件，一个后缀名称是*.hdr，另外一个是*.img

一、程序功能 　　读取一系列的CT dcm图片，然后重新写入到一个文件夹 二、代码 　　 #pragma warning(disable:4996) #include "itkGDCMImageIO.h" #include "itkGDCMSeriesFileNames.h" #include "itkImageSeriesReader.h" #include "itkImageSeriesWriter.h" int main(int argc, char** argv) { //定义像素类型，图像类型，三维有符号数，定义指针 typedef signed short PixelType; const unsigned int Dimension = 3; typedef itk::Image< PixelType, Dimension > ImageType; typedef itk::ImageSeriesReader< ImageType > ReaderType; //声明读、写 DICOM 图 像 的 itk::GDCMImageIO对象 //itk::GDCMSeriesFileNames对象将生成并将构成所有体数据的切片的文件名进行排序 typedef itk::GDCMImageIO ImageIOType; typedef itk:

一、ITK的读写工作原理 　　在ITK里面，我们需要设置读取图像的像素类型，图像类型。 　　然后设置读取指针，将读取参数传入。 　　同时设置写指针，也将写入文件参数传入。 　　为了实现读写动作，我们需要构造一个IO工厂(IOFactory),用来实现读写的动作。 　　同时需要一个动作，用来触发上面设置的内容，使得一切开始工作。 　　这就好比是一台机器，我们并不知道机器内部是如何运行的（factory的工作机制），但是我们可以设置自己知道的参数，然后点击开始开关， 这个时候机器就能够正常运行，达到我们想要的效果。（这个其实也是API的含义所在）。 二、下面是对于读写机制的讲解 　　 　　首先我们在右侧设置了ImageFileWriter 和ImageFileReader, 告诉函数我们需要操作的目标文件名。 　　然后factory创建ImageIO. 　　通过ImageIOFactory判断里面的哪一个工人可以对于这个文件进行读写操作。 　　比如说这个时候我们查找到了PNGImageIOFactory（确定的工人）可以对于目标文件进行读写操作，一个PNGImageIOFactory 就在内存中创建，作为ImageIOFactory的操作者，就把数据交给它来进行操作的，完成相应的读写操作。 　　工作就完成了。 　　这个机制就相当于供需平台一样： 　　一个人（wirter 或者

I have a 3D image read in to SimpleITK (using python) from a NIfTI file, take each axial slice, do something with it and re-insert the new 2D slice into a 3D volume with the (hopefully) appropriate dimensions. For example, output = sitk.Image(original.GetSize(), sitk.sitkFloat32) output.CopyInformation(original) for z in numpy.arange(original.GetDepth()): image = original[:,:,z] << Do Something in SimpleITK>> << Produce a new 2D image = newimage >> output[:,:,z] = newimage The final step is throwing an error In [???]: (executing line ??? of "code.py") Traceback (most recent call last): File