ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?
Manhattan图算是GWAS分析的标配图了,可参考 Bio|manhattan图 进行绘制。 由于Manhattan点太多,后期AI/PS修改的话难度有点大,如果可以“个性化”绘制的话那是极好的! 一 载入R包,数据 1)载入数据处理的tidyverse包,使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包 #install.packages("qqman") library ( qqman ) library ( tidyverse ) #查看原始数据 head ( gwasResults ) SNP CHR BP P 1 rs1 1 1 0.9148060 2 rs2 1 2 0.9370754 3 rs3 1 3 0.2861395 4 rs4 1 4 0.8304476 5 rs5 1 5 0.6417455 6 rs6 1 6 0.5190959 我们知道Manhattan图实际就是点图,横坐标是chr,纵坐标是-log(Pvalue) ,原始P值越小,-log转化后的值越大,在图中就越高。 原始数据中重要的“元素”都有了 ,我们自己的数据也是只需要这四列就可以了。注意绘制前需要转化一下: 2)处理原始数据---计算SNP的累计位置 # 1)计算chr长度 chr_len <- gwasResults %>% group_by ( CHR ) %>%