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ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?

▼魔方 西西 提交于 2021-01-25 02:02:57
Manhattan图算是GWAS分析的标配图了,可参考 Bio|manhattan图 进行绘制。 由于Manhattan点太多,后期AI/PS修改的话难度有点大,如果可以“个性化”绘制的话那是极好的! 一 载入R包,数据 1)载入数据处理的tidyverse包,使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包 #install.packages("qqman") library ( qqman ) library ( tidyverse ) #查看原始数据 head ( gwasResults ) SNP CHR BP P 1 rs1 1 1 0.9148060 2 rs2 1 2 0.9370754 3 rs3 1 3 0.2861395 4 rs4 1 4 0.8304476 5 rs5 1 5 0.6417455 6 rs6 1 6 0.5190959 我们知道Manhattan图实际就是点图,横坐标是chr,纵坐标是-log(Pvalue) ,原始P值越小,-log转化后的值越大,在图中就越高。 原始数据中重要的“元素”都有了 ,我们自己的数据也是只需要这四列就可以了。注意绘制前需要转化一下: 2)处理原始数据---计算SNP的累计位置 # 1)计算chr长度 chr_len <- gwasResults %>% group_by ( CHR ) %>%

ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?

我们两清 提交于 2021-01-24 20:59:38
本文首发于“生信补给站”,ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗? 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号。 Manhattan图算是GWAS分析的标配图了,可参考 Bio|manhattan图 进行绘制。 由于Manhattan点太多,后期AI/PS修改的话难度有点大,如果可以“个性化”绘制的话那是极好的! 一 载入R包,数据 1)载入数据处理的tidyverse包,使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包 #install.packages("qqman") library ( qqman ) library ( tidyverse ) #查看原始数据 head ( gwasResults ) SNP CHR BP P 1 rs1 1 1 0.9148060 2 rs2 1 2 0.9370754 3 rs3 1 3 0.2861395 4 rs4 1 4 0.8304476 5 rs5 1 5 0.6417455 6 rs6 1 6 0.5190959 我们知道Manhattan图实际就是点图,横坐标是chr,纵坐标是-log(Pvalue) ,原始P值越小,-log转化后的值越大,在图中就越高。 原始数据中重要的“元素”都有了 ,我们自己的数据也是只需要这四列就可以了。注意绘制前需要转化一下: 2

RabbitMQ Node.js 示例

老子叫甜甜 提交于 2021-01-14 07:39:23
<table class="d-block"> <tbody class="d-block"> <tr class="d-block"> <td class="d-block comment-body markdown-body js-comment-body"> <p>RabbitQM 处理和管理消息队列的中间人(broker)。可简单理解为邮局,你在程序中写好消息,指定好收件人,剩下的事件就是 RabbitMQ 的工作了,它会保证收件人正确收到邮件。</p> <p>任何发送邮件的程序都是 <code>Producer</code>,消息队列可理解为邮筒,新件将堆积在此处。所有待处理的消息都以队列形式存储,总体上看来就是一个巨大的消息 buffer,至于存储量与设置的内存及硬件有关。任何应用都可以向队列添加消息,也可以多个消费者都在从队列中获取消息。</p> <p>而 <code>consumer</code> 即是消息队列中消息的应用,其处于等待接收来自 RabbitMQ 发送来的消息。</p> <p>消息生产者,消费者及 RabbitMQ 这个中间人三者不必同时存在于同一机器上,实际运用时也确实大部分不会部署在同一机器上,比如有专门的机器作为 RabbitMQ 实体,而应用程序会部署在其他的集群。应用程序可以是同时负责生产消息的,也同时是消费者。</p> <p align=

PLSQL Developer个性化设置

こ雲淡風輕ζ 提交于 2021-01-13 06:49:50
1)代码自动完成 和讨厌的.才后出现提示说88,我用快捷键任意呼唤。 Tools->Preferences->User Interface->Key Configuration。 找到Tools/Code Assistant,修改为自己常用的快捷键。 我习惯用Ctrl+Space,很多IDE工具默认都是这个,不过容易和输入法切换的快捷键冲突,需要修改输入法的快捷键。 顺便把Edit/Selection/Uppsercase改成Alt+F5,Edit/Selection/Lowercasee改成Ctrl+F5,这个和UE保持一致。 把Edit/Redo改成Ctrl+Y,和大多工具保持一致。 2)自动替换 和重复输入说88,我用几个字母自动替换。 Tools->Preferences->Edit->AutoReplace Edit保存。 如:s*=SELECT * FROM crm01_app Edit里,我输入s*.就知道换成SELECT * FROM crm01_app了。 Tools->Preferences->Edit->Syntax Highlighting 顺便把Keyword case改成Uppercase。 3) 自动保存数据库密码 Tools->Preferences->Oracle->Logon History->Definition 选择Store with

Flask 作者 Armin Ronacher:我不觉得有异步压力

╄→гoц情女王★ 提交于 2021-01-12 02:59:05
https://zhuanlan.zhihu.com/p/102307133 英文 | I'm not feeling the async pressure 【1】 原作 | Armin Ronacher,2020.01.01 译者 | 豌豆花下猫@Python猫 声明 :本翻译基于 CC BY-NC-SA 4.0 【2】授权协议,内容略有改动,转载请保留原文出处,请勿用于商业或非法用途。 异步(async)正风靡一时。异步Python、异步Rust、go、node、.NET,任选一个你最爱的语言生态,它都在使用着一些异步。异步这东西有多好,这在很大程度上取决于语言的生态及其运行时间,但总体而言,它有一些不错的好处。它使得这种事情变得非常简单:等待可能需要一些时间才能完成的操作。 它是如此简单,以至于创造了无数新的方法来坑人(blow ones foot off)。我想讨论的一种情况是,直到系统出现超载,你才意识到自己踩到了脚的那一种,这就是背压(back pressure)管理的主题。在协议设计中有一个相关术语是流量控制(flow control)。 什么是背压 关于背压的解释有很多,我推荐阅读的一个很好的解释是: Backpressure explained — the resisted flow of data through software 【3】。因此

How does `#:~:text=` in URL works to highlight text?

白昼怎懂夜的黑 提交于 2020-12-30 01:33:45
问题 TL;DR How/why are some browsers able to search and highlight text in the HTML body which is followed by #:~:text= in the URL? Explanation One day I was searching for something on Google, which lead me to Quora's result. I observed that 2 sentences were highlighted in yellow, which were part of URL after the aforementioned parameter. I thought this would be Quora's feature for SEO or something, however, also found this on Linkedin, and Medium, and so on. I'd like to know: What is this

mac进行redis5.0单机集群笔记

≡放荡痞女 提交于 2020-12-29 11:41:31
https://zhuanlan.zhihu.com/p/106605652 Redis Cluster 呼唤集群 为什么呼唤? 1.并发量 redis 官方提供数据并发数10万/每秒 如果需要更高的并发量就需要另外方案了,集群 2.数据量 分布式的简单理解:加机器 应对:大并发量,大数据量 数据分布 顺序分区: 对数据集均分存储到各个节点 哈希分区 计算hash值然后取余数 hash(key)/节点数(例如节点取模的方式) 节点取余 如果节点需要增加,在进行迁移的时候比较耗空间,建议采取翻倍扩容的方式。 比如3个节点迁移,可以通过扩容到6个节点,扩容之后的数据只有50%进行了迁移。 一致性哈希 将token(0-2^32)顺时间对节点进行均分。 如果有节点插入,只会影响到相邻的节点,其他的节点不受影响。 虚拟槽分区 Redis Cluster的分区方式 两者的对比 搭建集群 节点之间是互相通信的 Redis Cluster架构 节点 cluster-enable:yes meet 节点之间消息共享 指派槽 redis指定槽的数据为16384。 key访问的时候,会做hash计算,然后取余数,找到对应在哪个范围的槽 找到对应的节点。 复制 安装 下面的安装方式代码不是很严谨,主要是为了了解Redis Cluster的结构。需要注意节点的端口和一些参数的设置。 1.配置开启节点

Ceph 坏盘

别来无恙 提交于 2020-12-23 11:04:11
Ceph坏盘 [Adding/Removing OSDs — Ceph Documentation]( https://docs.ceph.com/en/nautilus/rados/operations/add-or-rm-osds/?highlight=removing osd#removing-the-osd) [root@node1 my-cluster]# ceph osd tree ID CLASS WEIGHT TYPE NAME STATUS REWEIGHT PRI-AFF -1 0.14635 root default -3 0.04878 host node1 0 hdd 0.01949 osd.0 up 1.00000 1.00000 3 hdd 0.02930 osd.3 up 1.00000 1.00000 -5 0.04878 host node2 1 hdd 0.01949 osd.1 up 1.00000 1.00000 4 hdd 0.02930 osd.4 up 1.00000 1.00000 -7 0.04878 host node3 2 hdd 0.01949 osd.2 up 1.00000 1.00000 5 hdd 0.02930 osd.5 up 1.00000 1.00000 # 查看 OSD 延迟状况,以防坏道情况拖垮 ceph

【原】无脑操作:Markdown可以这样玩

走远了吗. 提交于 2020-12-17 15:37:37
一、背景: Markdown是一种纯文本格式的标记语言。通过简单的标记语法,可以使普通文本内容具有一定的格式。因为语法简单明了、功能又比纯文本强大,所以很适合作为开发人员的书写工具。 Markdown的编辑器很多,常用的有:MarkdownPad、Typora、MarkdownEditor等。不过在最近的尝试中,发现了一个比较适合开发人员使用的书写工具VSCode。 二、安装: 在VSCode官网: https://code.visualstudio.com/#alt-downloads 进行下载,根据自己的操作系统版本选择对应的安装版本。VSCode的安装很简单,选择安装路径一路回车安装就好了。 注意:VSCode默认的自定义插件位置在C:\Users\用户名\.vscode\extensions 三、配置: VSCode好用的插件很多,列了如下这几个,其中Markdown工具和Markdown转PDF工具是搭建Markdown书写环境所必需的。 1、Chinese中文语言支持插件(安装后需要重启VSCode) 2、Material Theme主题插件 3、Material Icon Theme主题图标插件 4、Markdown Preview Enhanced插件 5、Markdown PDF插件 四、使用: 常用的Markdown语法 1 # 01、注释 2 3 - 通用写法

Remove focus from all Edit Text after click on OK from Alert Dialog

穿精又带淫゛_ 提交于 2020-12-12 02:18:07
问题 My Activity contain three EditText and one button. I set custom AlertBox for get the User input on one EditText. When I click on OK button from Alert Box , Focus Automatically goes to First EditText. I used editext.clearFocus(); I also tried editText.clearFocus(); editText.setEnabled(false); But doesn't work. How to remove focus in All EditText after click on OK from AlertDialog. Thanks in Advance. 回答1: To clear focus and remove cursor from editText editText.clearFocus(); editText