测序深度

自从第一代测序技术Sanger测序发明以来，使得人们可以不断在单碱基水平研究各物种的基因组序列。 由于Sanger测序价格昂贵，测序通量低等劣势，2005年左右二代测序相继被开发出来，极大地降低了测序的价格和提升了测序的通量。现在测一个人的基因组序列，只需不到1000美元。 测序可以在很多不同的层面开展，包括基因组层面、转录组层面、甲基化层面、免疫共沉淀测序等。今天我们重点讨论一下基因组层面的测序。 基因组层面的测序主要可以分为三大类：全基因组测序（whole-genome sequencing，简称WGS）、全外显子测序（whole-exome sequencing，简称WES）、靶向测序（targeted sequencing或panel sequencing） （更多精彩请关注微信公众号：AIPuFuBio）。 全基因组测序 ，顾名思义就是对整个基因组的所有碱基进行测序，这样就可以获得整个基因组的序列情况，主要应用有基因组组装、各类基因组变异的鉴定，包括结构变异等。 全基因组测序示意图（ 图片来源：http://www.genomesop.com/） 全外显子测序 ，是对基因组的所有外显子进行测序（通常是编码基因的外显子）。对于人来说，外显子序列大概占到人类基因组序列的2%左右。主要应用于鉴定单核苷酸变异或少量碱基的插入或缺失等。 全外显子测序示意图（ 图片来源：http:/

WGS（30x）发现的5%的变异，用target测序验证时，很难验证不出来的。比如，对某炎症性疾病，检测其基因组变异，发现的5%的变异，target没有验证出来。 用target测序（10000x）发现的5%的突变，实验验证时，可以验证出来。比如，某癌症，用实验验证5%的突变，验证成功。 为何如此呢？原因有二： 一是WGS的测序深度太低，抽样太小，5%的变异很可能是错误所致；而target的测序深度高，变异能够被稳定地检出，5%的变异很可能是真的存在的。 二是炎症性疾病，本身就不是基因组变异所致的疾病，检测出的变异可能是误差所致。 来源： https://www.cnblogs.com/zypiner/p/11320563.html