VASP学习笔记--简单的VASP运行实例:CrI3做非磁的优化

血红的双手。 提交于 2020-05-09 09:03:22

一、总体思路

1)写入INCAR;
2)写入POSCAR,就是坐标文件;
3)写入KPOINTS文件,就是K点的选择;
4)写入POTCAR,写入POTCAR(找到势文件,然后按照POSCAR中的元素顺序把Cr和I元素的POTCAR写在一起)
命令如下:(会生成一个POTCAR的势文件)
cat Cr/POTCAR>>POTCAR
cat I/POTCAR>>POTCAR
提交脚本,运行。

二、POSCAR的生成

1.从晶体库中下载POSCAR文件或者先下载CIF文件在用VEST软件转换成POSCAR文件:

https://www.materialsproject.org/

http://aflowlib.org/

http://www.oqmd.org/

2.查到这个物质结构的文献,可从Gemlin和贝尔斯坦数据库得到文献的信息,
然后看这篇文章的Supporting Information,就能找到cif文件了。

3.我们需要得到VASP里计算CrI3所需的POSCAR,主要是晶格的基矢(原胞的三边)和基元中每个原子的位置。
一种方法是手写,根据实验上得到的晶格常数,如 Rhombohedral 惯用晶胞中的 a 和 c 值,去计算得到POSCAR里所需的各个数值。
不过这操作起来可能不太容易。另一种方法就是用已知的,同样的结构的晶格的 POSCAR 修改晶格常数的值来得到

晶体库下载文件及修改实例:
打开 Aflowlib.org 网站,点 advanced search,之后在元素周期表中选中 Bi 和 I 搜索化合物。从结果中找到了 Bi6I3,点开里面有很多有用的信息。
从中找到 VASP-POSCAR文件,下载下来得到 CONTCAR.relax.vasp 文件。可见,晶体点群的确是 Hexagonal Crystal family > Trigonal Crystal system > Rhombohedral Lattice system/Crystal Class.
有了 BiI3 的 POSCAR 以后还需要修改晶格常数得到 CrI3 的POSCAR。我们在最初的 Bi2I6 的 POSCAR 里加入两种元素,同时把 Bi 都改成 Cr;

第一步:将 CONTCAR.relax.vasp 文件拖入 VESTA 软件中,导出 .cif 文件 (File > Export Data > CIF File),得到 CONTCAR.relax.cif;
第二步:将 CONTCAR.relax.cif 拖入 Materials Studio 软件中,在这之前你需要先创建一个 project;
第三步:先把原胞改成惯用晶胞,Build > Symmetry > Find Symmetry > Impose Symmetry,点完之后就得到了惯用晶胞;
第四步:修改惯用晶胞的晶格常数,Build > Symmetry > Lattice Parameters (按照实验数据修改CrI3 惯用晶胞的 a , c );
第五步:将惯用晶胞改成原胞,Build > Symmetry > Rhombohedral Representation;
第六步:从MS导出成 cif 文件,如命名为 POSCAR.relax.cif;
第七步:将 POSCAR.relax.cif 重新拖入 VESTA,并导出成 .vasp 文件,这里有一个选择,Fractional 是分数坐标(以基矢为单位),Cartesian是直接数值直角坐标。

三、POTCAR的生成

找到势文件,然后按照POSCAR中的元素顺序把Cr和I元素的POTCAR写在一起
命令如下:(会生成一个POTCAR的势文件)
cat Cr/POTCAR>>POTCAR
cat I/POTCAR>>POTCAR

 四、参考链接

https://www.jianshu.com/p/0d0ce69d701f

https://www.jianshu.com/p/7b2594358fc8

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