bwa

本文主要非常简要地介绍一下 基因组二代测序序列比对程序 BWA 的使用： 帮助文档 Manual Reference Pages github-bwa 文献: Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform 下载BWA wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.12.tar.bz2/download make cd /home/user/bwa-0.7.12/ make 设置环境变量 PATH export PATH=$PATH:/home/user/bwa-0.7.12/ 如果需要永久设置，需要把上面一行加到 ./bashrc 文件中即可。 test 这样配置基本就完成了，在任意目录下直接输入 bwa 即可看到程序的各种信息，包括版本，参数，基本用法等。 下面以水稻的NGS 序列为例，该序列为paired-end seq 建立索引 $ bwa index # 查看语法和用法 bwa index /media/文档/tigr7.fa # tigr7.fa is rice genome reference sequence 这一步会生成4个文件， 分别是 tigr7.fa.amb, tigr7.fa.ann,

运行记录 hadoop@Mcnode5:~/disk2/home/hadoop/xubo/ref/buildIndex$ bwa index GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna [bwa_index] Pack FASTA... 33.14 sec [bwa_index] Construct BWT for the packed sequence... [BWTIncCreate] textLength=6418915856, availableWord=463658232 [BWTIncConstructFromPacked] 10 iterations done. 100000000 characters processed. [BWTIncConstructFromPacked] 20 iterations done. 200000000 characters processed. [BWTIncConstructFromPacked] 30 iterations done. 300000000 characters processed. [BWTIncConstructFromPacked] 40 iterations done. 400000000 characters processed.

Picard CreateSequenceDictionary samtools faidx date bwa index t1.fa 2>t1.bwa.index.log && echo "bwa_indexs built" samtools faidx t1.fa 2>t1.samtools.faidx.log && echo "faidx built" java -jar /xxx/picard.jar CreateSequenceDictionary REFERENCE=t1.fa OUTPUT=t1.dict.new 2>picard.CreateSequenceDictionary.log && echo "dict built" date

chip-seq 流程图 书籍资料 工具 UCSU 安装 使用 原理 手册 Swiss在线分析工具 短序列比对工具 BWA 流程 格式处理 序列比对 peak-calling motif 可视化 输出文档 上下游分析 chip-seq 流程图 【怪毛匠子】 【独家整理-怪毛匠子】 书籍资料 生物信息学 许忠能 生物信息学 ——计算的视角 李岭 译 工具 UCSU http://genome.ucsc.edu 安装 获得源文件 http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/Download.html MACS-1.4.2-1.tar.gz http://github.com/downloads/taoliu/MACS/MACS-1.4.2-1.tar.gz 解压缩文件生成MACS-1.4.2文件夹 tar xvzf MACS-1.4.2-1.tar.gz cd MACS-1.4.2 python setup.py install –prefix /your_directory/ prefix用于指定安装目录 修改环境变量：（使用sudo可以不用设置环境变量。。。） export PATH = /your_directory/bin:$PATH export PYTHONPATH = /your_directory/lib/python2.X/site