在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？
最近使用了一款SSPACE貌似不错，这款软件可以利用Pair-End（PE）和Mate-Pair（MP）的二代数据将已有的contig或者scaffold连接成更大的scaffold。同时这个软件还能够利用PE或者MP的数据对已有的contig或者scaffold进行延伸（或者填补部分的gap）。
参考来源
https://www.plob.org/article/322.html