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GWAS ATLAS数据库收录了来自4756个人类不同表型的GWAS结果,并进行了不同表型间的遗传相关性分析,对应的文献发表在nature genetics上,链接如下
https://www.nature.com/articles/s41588-019-0481-0
数据库的网址如下
https://atlas.ctglab.nl/
该数据库不仅仅是一个gwas结果存储的数据库,对于收录的原始gwas结果,进行了深入挖掘,提供了risk loci, LDSC, MAGMA基因集关联分析,多种表型间的遗传相关性分析等结果。
分成了以下3大模块
1. Browse GWAS
查看gwas分析结果,包含了以下几点内容
manhattan plot
lead snp and risk loci
gene-based association results
SNP heritability and genetic correlations
GWAS分析最经典的展示结果就是曼哈顿图和QQ图了,示意如下
基于gwas结果,分析了lead snp和risk loci, 结果示意如下
利用MAGMA软件进行了基因集的关联分析,结果示意如下
利用LDSC分析,评估了表型对应的SNP遗传力,结果示意如下
2. Multiple GWAS comparison
用于比较多个gwas分析结果,有两种展示形式,第一种是多个因子的相关性分析,示意如下
上图展示的是risk loci个数和snp遗传力之间的相关性,每个点表示一个表型的gwas结果。
第二种是热图,示意如下
上图展示的是不同表型间遗传相似度的热图。
3. PheWAS
对于某个基因或者SNP位点,查看在不用表型中的关联分析结果,绘制如下所示的散点图
对应的表格数据如下
通过该数据库,不仅可以查看已有的gwas结果,更重要的是可以参考其后续挖掘的方法和思路。
·end·
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