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R语言统计分析微生物组数据

由 跟風遠走 提交于 2020-12-14 22:23:09

我在学习这本书记了一些笔记，如果你有学习，欢迎分享你的笔记或者教程。我的已有笔记汇总如下：

宏基因组学习笔记

宏基因组学习笔记2

宏基因组笔记（第二章）

R语言宏基因组学统计分析学习笔记（第三章-1）

R语言宏基因组学统计分析学习笔记（第三章-2）

https://link.springer.com/book/10.1007/978-981-13-1534-3

下载方法，sci-hub大法啦。

出版日期：2018年10月7日

以下内容转载自宏基因组微信公众号，由于没有原创声明，直接复制转载。

本书简介

这本独特的书解决了使用R语言的微生物组数据的统计建模和分析中的困难。它包括作者研究和公共领域的真实数据，并对R的实现进行了逐步的讨论。数据和R计算机程序是公开的，允许读者复制每一章介绍的模型开发和数据分析，以便这些新方法可以很容易地应用到自己的研究中。

本书还讨论了微生物组研究中统计建模和数据分析的最新进展，以及新一代测序技术的最新进展，以及方法学发展和应用中的大数据。这本及时的书将大大有利于所有读者参与微生物群，生态学和微阵列数据分析，以及其他领域的研究。

作者简介

Yinglin Xia1,
Jun Sun2,
Ding-Geng Chen3

  1. 伊利诺伊大学芝加哥分校，医学部(Department of Medicine, University of Illinois at Chicago, Chicago, USA)

  2. 伊利诺伊大学芝加哥分校，医学部(Department of Medicine, University of Illinois at Chicago, Chicago, USA)

  3. 北卡罗来纳大学教堂山分校，社会工作学院(School of Social Work, University of North Carolina, Chapel Hill, USA)

章节简介

  1. 微生物组数据的生物信息分析 Bioinformatic Analysis of Microbiome data

    1. 微生物组研究简介

    2. 系统发育学简介

    3. 16S rRNA基因测序方法

    4. 宏基因组测序方法

    5. 生信数据分析工具

    6. 总结

  2. 微生物组数据是什么？What Are Microbiome Data?

    1. 微生物组数据

    2. 微生物组数据结构

    3. 微生物组数据特征

    4. 微生物组数据过度松散和零膨胀的例子

    5. 微生物组数据模型的挑战

    6. 总结

  3. 微生物组数据统计分析简介 Introductory Overview of Statistical Analysis of Microbiome Data

    1. 人类微生物组数据研究的主题和统计假设

    2. 微生物组研究的经典统计方法和模型

    3. 新发展的多元变量统计方法

    4. 微生物组数据的组成型分析

    5. 微生物群研究中的纵向数据分析与因果推理

    6. 统计包简介

    7. 现存统计方法的局限性和将来的发展方向

  4. R、Rstudio和ggplot2简介

    1. R和Rstudio简介

    2. dplyr包简介

    3. ggplot2简介

    4. 总结

  5. 微生物组数据功效和样本量计算

    1. 假设检验和功效分析

    2. 多样性差异使用T检验功效分析

    3. ANOVA比较多组

    4. 比较组间的分类单元

    5. 用Dirichlet多项式模型比较不同类群的频率

  6. 群体多样性计算和测量 Community Diversity Measures and Calculations

    1. Vdr−/−小鼠数据集

    2. 群体多样性介绍

    3. Alpha多样性测量与计算

    4. Beta多样性测量与计算

  7. 微生物组数据的探索性分析

    1. 小鼠和人类的数据集

    2. 探索性分析与图形总结

    3. 聚类

    4. 排序

    5. 总结与讨论

  8. 单变量群体分析

    1. 两组多样性比较

    2. 两组多类学比较

    3. ANOVA比较多组

    4. Kruskal-Wallis检验比较两组以上

  9. 多变量群体分析

    1. 使用PERMANOVA多组假设检验

    2. MANTEL检验多组假设检验

    3. 假设检验多组差异

    4. MRPP假设

    5. GUniFrac包比较微生物组

  10. 微生物组的组成分析

    1. 组成型分析简介

    2. 为什么微生物组数据当作组成型对待

    3. 探索组成型数据分析

    4. ALDEx2包组间比较

    5. 比例：相对数据的相关分析

    6. 总结和讨论

  11. 分散微生物组数据的建模

    1. Count型微生物组数据的差异丰度分析

    2. edgeR中的NB模型

    3. edgeR包

    4. DESeq和DESeq2中的NB模型

    5. DESeq和DESeq2包

    6. DESeq和DESeq2

  12. 零膨胀微生物组数据建模

    1. 简介

    2. 零膨胀模型：ZIP和ZINB

    3. 零栏模型：ZHP和ZHNB

    4. 具有随机效应的零膨胀Beta回归模型

    5. 总结和讨论

这么好的教材和速查手册，赶快下载学习或收藏备用吧！


本文分享自微信公众号 - 科技记者（kejijizhe）。
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