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研究背景
单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq）是解析细胞群体异质性、阐明细胞状态和识别不同细胞类型的常用手段，已经被广泛应用于细胞图谱构建、脑神经科学、胚胎发育、微生物、肿瘤以及药物开发等各领域。
然而，到目前为止，在单细胞转录组研究中广泛使用的是Illumina测序平台，要求绝大多数cDNA扩增与测序文库构建方法与其相兼容。
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研究结果
华大BGISEQ-500平台提供了另一种短读段测序策略，区别于Illumina系统，构建了DNA纳米球微阵列(DNA nanoball)测序技术（DNBSEQ™）进行测序。
研究人员在多个细胞系中（mESCs, K562s）使用多种单细胞转录组建库策略（SMARTer, Smart-seq2），利用多种外源对照样本评估了不同实验方法（Fluidigm C1, plate-based）中Illumina和BGISEQ-500测序平台的表现。
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研究结论
研究人员利用468个mESC和K562单细胞，构建了1297个单细胞RNA测序文库，产生了包括SE50, SE100, PE100等多种类型在内的数据集合，比较了测序敏感性、准确性、平台间同一细胞测序文库GC偏向性、表达水平和可变剪切体数目等指标。
使用DNBSEQ™技术的BGISEQ-500测序方法的灵敏度、准确度和重现性方面与HiSeq平台具有高度可比性。
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研究数据
本次研究中相关数据保存在国家基因库生命大数据平台（CNGBdb），项目编号：CNP0000075。
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参考文献：
Natarajan K N, Miao Z, Jiang M, et al. Comparative analysis of sequencing technologies for single-cell transcriptomics[J]. Genome biology, 2019, 20(1): 70.
本文分享自微信公众号 - 国家基因库大数据平台（close_3080908629）。
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来源：oschina
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