1.操作区别
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linux区分大小写，windows在dos界面命令下不区分大小写；
linux所有内容均以文件形式保存包括硬件，用户，而windows文件和硬件没什么关系，两个之间没有关联；
windows用扩展名区分文件如.exe代表执行文件，.txt代表文本文件，而linux无扩展名的概念，当然为了管理员区分方便会有部分扩展名如.gz ， .bz2 ，.tar.bz2代表压缩包。
.html ，.php代表网页文件，这些纯粹是给管理员看的便于区分，但是linux本身是没有扩展名的，linux是以权限区分文件的，文件权限总共有十位。
windows下的.exe文件不能直接在linux下安装与运行，同时linux大部分是字符界面，大大增加了linux系统的安全性，减少了木马攻击的可能性，同时linux字符界面占用的系统资源要小于windows下的图形界面所占的资源。
2.系统方面
UNIX操作系统：是一个强大的多用户、多任务操作系统，支持多种处理器架构。
整个UNIX系统可分为五层：
最底层是裸机，即硬件部分；
第二层是UNIX的核心，它直接建立在裸机的上面，实现了操作系统重要的功能，如进程管理、存储管理、设备管理、文件管理、网络管理等。
用户不能直接执行UNIX内核中的程序，而只能通过一种称为”系统调用”的指令，以规定的方法访问核心，以获得系统服务；
第三层系统调用构成了第四层应用程序层和第二层核心层之间的接口界面；
应用层主要是UNIX系统的核外支持程序，如文本编辑处理程序、编译程序、系统命令程序、通信软件包和窗口图形软件包、各种库函数及用户自编程序；
UNIX系统的最外层是Shell解释程序，它作为用户与操作系统交互的接口，分析用户键入的命令和解释并执行命令，Shell中的一些内部命令可不经过应用层，直接通过系统调用访问核心层。
Linux操作系统：
是基于UNIX操作系统发展而来的一种克隆系统，是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统。它能运行主要的UNIX工具软件、应用程序和网络协议。
Linux继承了Unix以网络为核心的设计思想，是一个性能稳定的多用户网络操作系统。其目的是建立不受任何商品化软件的版权制约的、全世界都能自由使用的Unix兼容产品。
Windows操作系统：
Windows1.0是微软第一次对个人电脑操作平台进行用户图形界面的尝试。Windows 1.0基于MS-DOS操作系统，实际上其本身并非操作系统，至多只是基于DOS的应用软件。
之后的 Windows 2.x，3.x 和 95，98，ME仍是基于DOS的操作系统。 而Windows NT则宣告了DOS操作系统的终结，并成为流行至今的主流操作系统。
3.发展背景
Linux与其他操作系统的区别是，Linux是从一个比较成熟的操作系统发展而来的，而其他操作系统，如Windows NT等，都是自成体系，无对应的相依托的操作系统。这一区别使得Linux的用户能大大地从Unix团体贡献中获利。
因为Unix是世界上使用最普遍、发展最成熟的操作系统之一，它是七十年代中期发展起来的微机和巨型机的多任务系统，虽然有时接口比较混乱，并缺少相对集中的标准，但还是发展壮大成为了最广泛使用的操作系统之一。
无论是Unix的作者还是Unix的用户，都认为只有Unix才是一个真正的操作系统，许多计算机系统（从个人计算机到超级计算机）都存在Unix版本，Unix的用户可以从很多方面得到支持和帮助。
因此，Linux做为Unix的一个克隆，同样会得到相应的支持和帮助，直接拥有Unix在用户中建立的牢固的地位。
4.使用费用
从使用费用上看，Linux与其他操作系统的区别在于Linux是一种开放、免费的操作系统，而其他操作系统都是封闭的系统，需要有偿使用。
这一区别使得我们能够不用花钱就能得到很多Linux的版本以及为其开发的应用软件。当我们访问Internet时，会发现几乎所有可用的自由软件都能够运行在Linux系统上。
有来自很多软件商的多种Unix实现，Unix的开发、发展商以开放系统的方式推动其标准化，但却没有一个公司来控制这种设计。
因此，任何一个软件商（或开拓者）都能在某种Unix实现中实现这些标准。
OS/2和Windows NT等操作系统是具有版权的产品，其接口和设计均由某一公司控制，而且只有这些公司才有权实现其设计，它们是在封闭的环境下发展的。
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