在CentOS上把MySQL从5.5升级到5.6

摘要：本文记录了在CentOS 6.3上，把MySQL从5.5.28升级到5.6.19的过程。

1. 概述

在我做的一个项目中，最近我对生产服务器上的一系列系统软件进行了升级，包括Git、Nginx、MySQL和PHP。这篇文章讲的是升级MySQL的过程，其他软件的升级，可见下面列出的文章。

在我加入这个项目之前，服务器上的MySQL已经安装设置好了，我只是正常使用而已。现在过去1年了，应该适当升级服务器上的软件了。升级这种事情是应当经常做的，倒不是为了追最新版本，而是当正式版本发放出来的时候，应该及时更新，以便获得最新的更正、补丁，避免服务器上的漏洞，减少安全隐患。

升级是在今年6月11-12日进行的，到今天才有空做个记录，便于日后参考。

动手之前，查找了很多资料，因为MySQL要比之前升级的Git和Nginx要复杂多了。我在参考资料中列出了我所能找到作为依据的文档，可供参考。

2. 计划

我们使用的服务器是阿里云的，服务器的操作系统是CentOS 6.3。登录管理界面，发现共有两块物理硬盘，一块系统盘，一块数据盘，而我们只使用了系统盘，数据盘一直空着没用。所以，计划就变成：

加载数据硬盘
升级MySQL的同时，迁移MySQL数据到数据硬盘上。

3. 加载数据硬盘

下面的操作需要以超级管理员root的身份登录服务器进行操作。

3.1 查看硬盘

首先，查看硬盘使用情况：

# fdisk -l

Disk /dev/xvda: 21.5 GB, 21474836480 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 2610 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x00000000

    Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
/dev/xvda1   *           1        2550    20480000   83  Linux
/dev/xvda2            2550        2611      490496   82  Linux swap / Solaris

Disk /dev/xvdb: 21.5 GB, 21474836480 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 2610 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x00000000

# df -h
Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/xvda1             20G  9.4G   11G  48% /
tmpfs                 498M     0  498M   0% /dev/shm

可以看到，逻辑盘/dev/xvda1是位于根目录(/)，/dev/xvda2是系统缓存(swap)。第二块物理硬盘/dev/xvdb的大小是21.5 GB，没有加载和使用，我们可以把它加载，并把MySQL的数据迁移到第二块物理硬盘上，把对系统盘和数据库的硬盘访问分流，希望这样一定程度上可以提高访问MySQL数据库的性能。

3.2 格式化数据硬盘

格式化第二块物理硬盘：

# mke2fs -j /dev/xvdb
mke2fs 1.41.12 (17-May-2010)
Filesystem label=
OS type: Linux
Block size=4096 (log=2)
Fragment size=4096 (log=2)
Stride=0 blocks, Stripe width=0 blocks
1310720 inodes, 5242880 blocks
262144 blocks (5.00%) reserved for the super user
First data block=0
Maximum filesystem blocks=4294967296
160 block groups
32768 blocks per group, 32768 fragments per group
8192 inodes per group
Superblock backups stored on blocks:
        32768, 98304, 163840, 229376, 294912, 819200, 884736, 1605632, 2654208,
        4096000

Writing inode tables: done
Creating journal (32768 blocks): done
Writing superblocks and filesystem accounting information: done

This filesystem will be automatically checked every 24 mounts or
180 days, whichever comes first.  Use tune2fs -c or -i to override.

格式化顺利完成。

3.3 加载数据硬盘

下面，加载第二块物理硬盘为/data目录：

# mount /dev/xvdb /data

这个命令没有反馈，当时我有点儿吃惊和失落。因为这许多命令我也都是第一次从网上查到，第一次使用，对于它们的输出和结果，都有一种第一次坐过山车般的期待、兴奋、好奇和不确定，每一次的输出对于我都是新的，你不知道翻过面前这个坡之后会出现什么！

再用下面的命令查看新的逻辑盘：

# df -kh
Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/xvda1             20G  9.3G   11G  48% /
tmpfs                 498M     0  498M   0% /dev/shm
/dev/xvdb              20G  173M   19G   1% /data

可以看到/dev/xvdb是第二块物理硬盘！激动，成功了！

用下面的命令查看加载(mount)的类型：

# mount
/dev/xvda1 on / type xfs (rw)
proc on /proc type proc (rw)
sysfs on /sys type sysfs (rw)
devpts on /dev/pts type devpts (rw,gid=5,mode=620)
tmpfs on /dev/shm type tmpfs (rw)
none on /proc/sys/fs/binfmt_misc type binfmt_misc (rw)
/dev/xvdb on /data type ext3 (rw)

到这里，第二块物理硬盘加载成功，下面该yum出场了。

4. 升级MySQL的计划

不好意思，yum同学，编剧说你还要等下一幕。

升级MySQL时，又做了两个计划：

当然，首先要备份所有的数据库数据
计划A: 使用参考资料[6]的方法，添加安装库，用yum update升级
计划B: 用yum卸载MySQL 5.5，再安装MySQL 5.6

5. 计划A: yum update

下面大部分命令都需要在超级管理员root的权限下运行。

5.1 备份所有的数据库

用mysqldump来备份所有的数据库数据：

# mysqldump -u <db管理员用户名> -p --all-databases > 2014-06-12_all-db.sql

会提示输入密码，然后2014-06-11_all-db.sql就是备份数据，如果不想放在当前目录下，可以在上面的命令行上指定路径。

当然，也建议你单独备份每个用户数据库：

# mysqldump -u <db管理员用户名> -p mydb > 2014-06-12_mydb.sql

妥善保存这些非常重要的数据库备份文件。

5.2 查看MySQL的版本

用下面的命令查看MySQL的版本：

# mysql --version
mysql  Version 14.14 Distrib 5.5.28, for Linux (x86_64) using reeadline 5.1

可见，当前的MySQL的版本是5.5.28。

5.3 添加MySQL的yum安装库

这是参照参考资料[7]来做的，后来发现[6]的方法更好：

# wget http://dev.mysql.com/get/mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm
# rpm -ivh mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm
# yum list | grep mysql

这样很多更新的MySQL安装包就都有了。

如有必要，运行下面的命令确保yum安装库是最新的：

# yum update mysql-community-release

5.4 用yum查看MySQL安装相关信息

用下面的命令查看安装了什么：

# yum list installed | grep ^mysql
mysql-community-release.noarch

其中，^mysql是指以mysql开头的安装包。

用下面的命令查看安装了的和可用的安装包：

# yum info mysql-server
Installed Packages
Name        : MySQL-Server
Arch        : x86_64
Version     : 5.5.28
Release     : 1.linux2.6
Repo        : installed
Available Packages
Name        : mysql-server
Arch        : x86_64
Version     : 5.1.73
Release     : 3.el6_5
Repo        : updates

这里不知道为啥可用的安装包没有显示MySQL 5.6的。

检查可用的安装包：

# yum check-update mysql-server
Obsoleting Packages
mysql-community-client.x86_64      5.6.19-2.el6           mysql56-community
    MySQL-client.x86_64            5.5.28-1.linux2.6      installed
mysql-community-devel.x86_64       5.6.19-2.el6           mysql56-community
    MySQL-devel.x86_64             5.5.28-1.linux2.6      installed
mysql-community-server.x86_64      5.6.19-2.el6           mysql56-community
    MySQL-server.x86_64            5.5.28-1.linux2.6      installed

可见，MySQL 5.6的安装包都算community版本了。

5.5 升级MySQL及其组件

运行下面的命令：

# yum update mysql-server
Dependencies Resolved

================================================================================
 Package                   Arch      Version         Repository            Size
================================================================================
Installing:
 mysql-community-client    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community     18 M
     replacing  MySQL-client.x86_64 5.5.28-1.linux2.6
 mysql-community-server    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community     52 M
     replacing  MySQL-server.x86_64 5.5.28-1.linux2.6
Installing for dependencies:
 mysql-community-common    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community    298 k
 mysql-community-libs      x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community    1.9 M

Transaction Summary
================================================================================
Install       4 Package(s)

后面的输出省略了。可见有4个安装包(共70多MB)要下载、安装。结果，下载用了80分钟。

但安装遇到问题了：

Running rpm_check_debug
Running Transaction Test


Transaction Check Error:
  file /usr/bin/mysql_config from install of mysql-community-client-5.6.19-2.el6
.x86_64 conflicts with file from package MySQL-devel-5.5.28-1.linux2.6.x86)64

Error Summary
-------------

可以看到出错了，搜索了一阵儿，也没搞明白。随即停止A计划(和成龙的电影没关系)，改用B计划。

6. 计划B: 用yum卸载再安装

可以预料，这个计划要多折腾一些。仍然需要在超级管理员root的权限下运行下面的命令。

6.1 停止web服务器

这时为了避免用户访问网站时，看到数据库连接失败这样的错误信息。到这时我才想起这一点来，还是对用户关怀不够，应该在有可能宕掉网站的操作之前就做的。

因为使用的是Nginx，所以运行下面的命令：

# service nginx stopStopping nginx:                                            [  OK  ]

6.2 卸载MySQL 5.5.28

一共有3个包要卸载。

先卸载mysql-server包:

# yum remove mysql mysql-server
Dependencies Resolved

================================================================================
 Package            Arch         Version                  Repository       Size
================================================================================
Removing:
 MySQL-server       x86_64       5.5.28-1.linux2.6        installed       153 M

Transaction Summary
================================================================================
Remove        1 Package(s)

Installed size: 153 M
Is this ok [y/N]: y
Downloading Packages:
Running rpm_check_debug
Running Transaction Test
Transaction Test Succeeded
Running Transaction
Warning: RPMDB altered outside of yum.
  Erasing    : MySQL-server-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                        1/1
  Verifying  : MySQL-server-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                        1/1

Removed:
  MySQL-server.x86_64 0:5.5.28-1.linux2.6

Complete!

再卸载mysql-client:

# yum remove mysql-client
Dependencies Resolved

================================================================================
 Package            Arch         Version                  Repository       Size
================================================================================
Removing:
 MySQL-client       x86_64       5.5.28-1.linux2.6        installed        57 M

Transaction Summary
================================================================================
Remove        1 Package(s)

Installed size: 57 M
Is this ok [y/N]: y
Downloading Packages:
Running rpm_check_debug
Running Transaction Test
Transaction Test Succeeded
Running Transaction
  Erasing    : MySQL-client-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                        1/1
  Verifying  : MySQL-client-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                        1/1

Removed:
  MySQL-client.x86_64 0:5.5.28-1.linux2.6

Complete!

View Code

最后卸载mysql-devel：

# yum remove mysql-devel
Dependencies Resolved

================================================================================
 Package           Arch         Version                   Repository       Size
================================================================================
Removing:
 MySQL-devel       x86_64       5.5.28-1.linux2.6         installed        20 M

Transaction Summary
================================================================================
Remove        1 Package(s)

Installed size: 20 M
Is this ok [y/N]: y
Downloading Packages:
Running rpm_check_debug
Running Transaction Test
Transaction Test Succeeded
Running Transaction
  Erasing    : MySQL-devel-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                         1/1
  Verifying  : MySQL-devel-5.5.28-1.linux2.6.x86_64                         1/1

Removed:
  MySQL-devel.x86_64 0:5.5.28-1.linux2.6

Complete!

View Code

3个包的卸载都顺利完成。

6.3 安装MySQL 5.6.19

安装比卸载更简单，因为yum会自动检查依赖安装包：

# yum install mysql-server
Dependencies Resolved

================================================================================
 Package                   Arch      Version         Repository            Size
================================================================================
Installing:
 mysql-community-server    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community     52 M
Installing for dependencies:
 mysql-community-client    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community     18 M
 mysql-community-common    x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community    298 k
 mysql-community-libs      x86_64    5.6.19-2.el6    mysql56-community    1.9 M

Transaction Summary
================================================================================
Install       4 Package(s)

Total size: 72 M
Installed size: 323 M
Is this ok [y/N]: y
Downloading Packages:
Running rpm_check_debug
Running Transaction Test
Transaction Test Succeeded
Running Transaction
  Installing : mysql-community-common-5.6.19-2.el6.x86_64                   1/4
  Installing : mysql-community-libs-5.6.19-2.el6.x86_64                     2/4
  Installing : mysql-community-client-5.6.19-2.el6.x86_64                   3/4
  Installing : mysql-community-server-5.6.19-2.el6.x86_64                   4/4
warning: /etc/my.cnf created as /etc/my.cnf.rpmnew
/bin/chmod: cannot access `': No such file or directory
  Verifying  : mysql-community-common-5.6.19-2.el6.x86_64                   1/4
  Verifying  : mysql-community-libs-5.6.19-2.el6.x86_64                     2/4
  Verifying  : mysql-community-client-5.6.19-2.el6.x86_64                   3/4
  Verifying  : mysql-community-server-5.6.19-2.el6.x86_64                   4/4

Installed:
  mysql-community-server.x86_64 0:5.6.19-2.el6

Dependency Installed:
  mysql-community-client.x86_64 0:5.6.19-2.el6
  mysql-community-common.x86_64 0:5.6.19-2.el6
  mysql-community-libs.x86_64 0:5.6.19-2.el6

Complete!

由于篇幅关系，输出有所缩略。一切顺利，继续！

预告：繁琐的事情这才开始。

6.4 更改MySQL配置，来使用数据硬盘

更改\etc\my.cnf，下面只列出更改的相关设置：

[mysqld]
# Uncomment the following if you are using InnoDB tables
#innodb_data_home_dir = /var/lib/mysql
# data path changed to 2nd physical hard disk /dev/xvdb after upgrading from MySQL 5.5 to MySQL 5.6
innodb_data_home_dir = /data/mysql
#innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend
#innodb_log_group_home_dir = /var/lib/mysql
datadir = /data/mysql

如果你也更改了数据目录，最后一行的 datadir = /data/mysql 切不可遗漏，我就是因为这一行实际上没有及时改，还是指向旧的数据目录，导致数据升级失败，直到升级数据之后才发现，在下文中有详细论述。

6.5 启动MySQL服务

启动服务：

# service mysql start
mysql: unrecognized service

居然出错了！只好直接运行MySQL的daemon：

# /etc/init.d/mysqld start
Starting mysqld:                                           [  OK  ]

后来才知道，mysql是MySQL 5.5的服务名称，到了MySQL 5.6服务就改名为mysqld了。所以，其实这里可以运行service mysqld start的。

6.6 升级MySQL数据库及表

按照参考资料[6]，到这时，MySQL的程序已经升级完毕，要升级数据了。

先把旧数据目录下的所有文件都拷贝到新的数据目录下。可惜，这里的命令在我的工作日志中没有记录，日后找到再不上。不过这是基本的Linux命令，就算你不知道，也一定能在网上找到。

然后运行下面的命令：

# mysql_upgrade -uroot -p
Enter password:
Looking for 'mysql' as: mysql
Looking for 'mysqlcheck' as: mysqlcheck
Running 'mysqlcheck' with connection arguments: '--port=<为安全故略去>' '--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock'
Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.
Running 'mysqlcheck' with connection arguments: '--port=<为安全故略去>' '--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock'
Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.
mysql.columns_priv                                 OK
mysql.db                                           OK
mysql.event                                        OK
mysql.func                                         OK
# ... ... 为省略篇幅故略去 ... ...
mysql.time_zone_transition                         OK
mysql.time_zone_transition_type                    OK
mysql.user                                         OK
Running 'mysql_fix_privilege_tables'...
Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.
Running 'mysqlcheck' with connection arguments: '--port=<为安全故略去>' '--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock'
Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.
Running 'mysqlcheck' with connection arguments: '--port=<为安全故略去>' '--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock'
Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.
mydb.table1                                         OK
mydb.table2                                         OK
# ... ... 为省略篇幅故略去 ... ...
mydb.table793                                       OK
mydb.table794                                       OK
OK

到这里发现，数据库有问题，数据升级并未成功。原因就是之前提及的，升级数据时\etc\my.cnf中的数据目录(即datadir = 这一行)还是指向旧的数据目录，我猜想这导致一些操作发生了混乱。

这时我感觉到难免的慌张和混乱，之后我做了一些尝试：

重复升级数据的过程，结果依旧
尝试修复缺失或者损毁的系统数据库中的5个数据表，结果发现文档犹如进入了一个迷宫，不得要领。

不得不就此作罢。

6.7 重新创建数据目录

看起来由于我之前的疏忽，数据库已经在上一步升级数据中被损毁了！

这时候，你能做什么！谷歌(或者百度)就是你当前最好的朋友！

在冒汗和揪头发的折磨中，总算找到了根救命稻草mysql_install_db，详见参考资料[9]，这个命令可以重新创建数据目录，这就意味着重新创建系统数据库mysql，也意味着现有的用户数据库都将被清除。这时，你会感谢上帝、佛祖、圣母和玉皇大帝，如果你在最开始对所有的数据库做了备份的话。回头看一下我们在5.1 备份所有的数据库做的事情，就知道这是多么重要了！有了备份，我们就可以恢复所有的数据库了！

先要做的，是在MySQL的配置文件中设置正确的数据目录。再次更改\etc\my.cnf，下面只列出更改的相关设置：

[mysqld]
datadir = /data/mysql

然后，祭出我们的救命稻草mysql_install_db来重新创建数据目录(如果你想知道该命令的详细参数，可见参考资料[9])：

# /usr/bin/mysql_install_db --user=mysql --datadir=/data/mysql
Installing MySQL system tables...2014-06-13 00:35:17 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Using atomics to ref count buffer pool pages
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: 128 rollback segment(s) are active.
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: 5.6.19 started; log sequence number 44199093
2014-06-13 00:35:17 11574 [Warning] InnoDB: Cannot open table mysql/innodb_table_stats from the internal data dictionary of InnoDB though the .frm file for the table exists. See http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/innodb-troubleshooting.html for how you can resolve the problem.
ERROR: 1146  Table 'mysql.innodb_table_stats' doesn't exist
2014-06-13 00:35:17 11574 [ERROR] Aborting

2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] Binlog end
2014-06-13 00:35:18 11574 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.
2014-06-13 00:35:18 11574 [Note] InnoDB: Starting shutdown...
2014-06-13 00:35:19 11574 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 44199103
2014-06-13 00:35:19 11574 [Note] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete

又出错了！别慌，这是因为数据目录并未清空，其中还有之前损毁的数据库文件。

删除当前的数据目录。我实际做的是把 /data/mysql 改名为 /data/mysql.bak2，效果一样，/data/mysql 目录不存在了，只是我做了个物理文件备份。

再次重建数据目录：

# /usr/bin/mysql_install_db --user=mysql --datadir=/data/mysql
Installing MySQL system tables...2014-06-13 00:46:06 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Using atomics to ref count buffer pool pages
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: The first specified data file /data/mysql/ibdata1 did not exist: a new database to be created!
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Setting file /data/mysql/ibdata1 size to 12 MB
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Database physically writes the file full: wait...
2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Setting log file ./ib_logfile101 size to 48 MB
2014-06-13 00:46:07 11654 [Note] InnoDB: Setting log file ./ib_logfile1 size to 48 MB
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Renaming log file ./ib_logfile101 to ./ib_logfile0
2014-06-13 00:46:09 11654 [Warning] InnoDB: New log files created, LSN=45781
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Doublewrite buffer not found: creating new
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Doublewrite buffer created
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: 128 rollback segment(s) are active.
2014-06-13 00:46:09 11654 [Warning] InnoDB: Creating foreign key constraint system tables.
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Foreign key constraint system tables created
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Creating tablespace and datafile system tables.
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Tablespace and datafile system tables created.
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: 5.6.19 started; log sequence number 0
2014-06-13 00:46:10 11654 [Note] Binlog end
2014-06-13 00:46:10 11654 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.
2014-06-13 00:46:10 11654 [Note] InnoDB: Starting shutdown...
2014-06-13 00:46:12 11654 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 1625977
OK

Filling help tables...2014-06-13 00:46:12 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Using atomics to ref count buffer pool pages
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: 128 rollback segment(s) are active.
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: 5.6.19 started; log sequence number 1625977
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] Binlog end
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.
2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Starting shutdown...
2014-06-13 00:46:14 11678 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 1625987
OK

后面还有一些输出，只是一些说明，关于如何准备MySQL的服务、如何设置管理员密码、等等。

好了，到这里，看起来总算恢复都正常了。

继续，设置管理员密码：

# mysqladmin -u root password '********'

6.8 恢复用户数据库

这时，只是重建了系统数据库mysql，原先的用户数据库都没了。要先创建(空的)用户数据库，然后从备份恢复。

进入MySQL命令行：

# mysql -u root -p
Enter password:
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 7
Server version: 5.6.19 MySQL Community Server (GPL)

再创建用户数据库：

mysql> CREATE DATABASE `mydb`;
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)
mysql> exit
Bye

这时，mydb数据库还是空的。从之前的数据库备份恢复mydb：

# mysql -u root -p mydb < 2014-06-12_mydb.sql
Enter password:

用户数据库顺利恢复。

6.9 设置服务(daemon)在机器启动时启动

开启mysqld服务的开机启动状态：

# chkconfig mysqld on

再查看：

# chkconfig --list mysqld
mysqld          0:off   1:off   2:on    3:on    4:on    5:on    6:off

正确！继续。

6.10 重启web服务器

对应于6.1 停止web服务器，我们要再次开启网站、允许用户访问了：

# service nginx start
Starting nginx:                                            [  OK  ]

测试网站，一切正常！

6.11 修改CakePHP中数据库连接的设置

其实网站还有点儿小问题，不过这和MySQL升级无关，只是作为完整的实际过程，记录在这里。

实际上这时还是无法访问网站的，访问网站主页时遇到下面的错误：

2014-06-13 01:07:23 Warning: Warning (2): mysql_connect() [<a href='http://php.net/function.mysql-connect'>function.mysql-connect</a>]: No such file or directory in [/usr/share/nginx/.../cake/libs/model/datasources/dbo/dbo_mysql.php, line 561]

根据参考资料[11]，修改CakePHP 1.3代码中的app/config/database.php:

class DATABASE_CONFIG {
    public $default = array(
        'datasource' => 'Database/Mysql',
        'persistent' => false,
        'host' => 'localhost',
        'login' => 'username',
        'password' => 'password',
        'database' => 'mydb',
        'prefix' => ''
        ,'encoding' => 'utf8'
        ,'port' => '/data/mysql/mysql.sock'
    );

如上所示，增加了port的设置。注意，这只适用于*nix系统，Windows上是不需要这样的。另，CakePHP 2.x的设置与此略有不同，请参考相关文档。

这样网站就能正常访问了。