Ubuntu安装记录 | 易学教程

为了使用Gromacs（优秀的分子动力学模拟（Moleculer Dynamics Simulation软件））和Pymol，需要搭建一个评估性的计算平台，尝试了一系列Linux发行版本，希望可以寻找出一个稳定易用的解决方案。

一、需求分析

1.1 用户群

面向实验室的老师和同学，大多数对Linux不熟悉，希望系统的界面尽可能的与Windows类似。

1.2 软件需求

需要能够稳定运行Gromacs 4.5.5以上版本，能够运行Pymol并显示蛋白质分子模型；最好还能够运行Matlab。

1.3 硬件平台

硬件平台有四种：

1. Dell工作站：i7-3 ，16G内存，HD7750显卡；
2. OPTILEX 320台式机：Intel E2160，1G内存，Ati Radeon Express 200集成显卡；
3. Optilex 360台式机：Intel Core E7400，2G内存，Ati HD2400独立显卡；
4. Asus A52J笔记本：Intel P ，4G内存，AMD 6450M独立显卡。

其中，大部分计算工作都将在工作站进行，常常需要7*24小时满负荷运行。大部分分析工作会在2、3号台式机上进行，有少量工作会在笔记本上进行。

1.4 网络环境

实验室网络需要使用“神州数码”客户端拨号才能上网；几台电脑都不在同一个网段，无法通过SSH登录远程操作；笔记本需要通过PPPOE无线拨号，或者使用“神州数码”。

二、系统测试

2.1 桌面选择

测试了Ubunut14.04的Unity桌面，Xubuntu14.04的Xfce桌面，Lubuntu 14.04的LXDE桌面、Deepin Linux的深度桌面以及OpenSuse 13.1的KDE桌面。

感觉KDE桌面最美观，但是对系统硬件有一定要求，实验室的2号台式机无法正常运行，放弃。

Unity的桌面的操作方式比较独特，试用时怎么都找不到已经安装的程序，只能从Terminal启动，对其它用户不友好。

深度桌面非常美观易用，但是不支持AMD的Proprietary Driver，工作站显卡发热量很大，在工作站运行了一个月后出现显卡损坏现象，放弃。

LXDE太过简陋，在2号机上试用一段时间后，受不了比较丑陋的字体，放弃。

最终选择：Xfce。

2.2 显卡驱动

2号机的Ati Radeon Express 200集成显卡已经被AMD放弃支持，只能使用开源驱动。但是使用Xubuntu14.04自带的开源驱动时，Pymol无法正常显示蛋白质分子模型。

3号机的只能使用AMD Catalyst™ 13.1 驱动，但是不支持较新的系统(Xorg 6.9 to Xserver 1.12 and Kernel version up to 3.4)；使用Xubuntu14.04的开源驱动时，可以正常使用Pymol。

Asus A52J的Radeon 6450M独立显卡使用AMD Catalyst™ 13.6以上版本Legacy Driver会出现黑屏（主屏幕亮度为0，外接显示器正常）的现象，已经被证实为驱动的Bug（Unofficial AMD Bugzilla – Bug 939），而且直到目前最新驱动14.12都没有解决。目前使用开源驱动，开启DPM后显卡发热量也不太大；但性能不如私有驱动。

工作站原本安装的是Deepin Linux，在使用一段时间后决定换到Ubuntu14.04 LTS版本。直接在官方网站上下载的14.04.2进行的安装，但是发现Ubuntu14.04.2无法安装AMD Catalst 14.12驱动，这是因为14.04.2是LTS Enablement Stacks版本，软件仓库出现的问题(参见：CCHtml ;Ubuntu Forum)。

参考Ubuntu软件路线图：

决定从Old-release下载Ubuntu14.04.1安装。

2.3 网卡驱动

14.04以上自带网卡驱动。

12.04台式机的USB无线网卡需要编译安装。

三、软件与设置

3.1 制作安装U盘

在Windows下使用Universal USB Installer制作启动U盘，过程非常的简单，细节不表。

3.2 网络设置

PPPOE：首先需要用Wifi连接ChinaNet，然后再进行PPPOE拨号，所以需要对网络进行设置。拨号使用pppoeconf

神州数码：使用aecium ，使用前需要在"~"目录下建立.aecium文件。

aeium

3.3 软件与软件源

默认使用cn软件源速度很快，不需要改变。

在更新系统与安装语言包之前，删除不需要的软件（比如Thunderbird, xChat, Pidgin之类）

3.4 更新系统与语言

工作站直接安装的英文版系统，系统会自动设定地区安装输入法。Ubuntu14.04.1自带ibus-PinYin，但是不太好用。安装Ibus-rime并设置为默认输入法。

其它电脑安装的Xubuntu，并安装Fcitx输入法。在Fcitx中，可以使用ctrl+alt+p关闭关掉预编辑区。

sudo apt-get upgrade
或
sudo apt-get dist-upgrade

3.5 电源设置

安装tlp和laptop-mode，笔记本电池使用时间一下从1.5小时变到2.5小时

3.6 安装软件

直接用软件中心安装已经编译好的Pymol和Gromacs，并安装了TexLive和Kile。

四、细节

4.1 开机顺序

大部分人大部分时间需要在Windows下工作，Grub2显示的默认开机选项为Ubuntu，因此需要更改为Windows。

首先使用以下命令更新Grub：

sudo update-grub

之后修改 /etc/defautl/grub 文件，开机选项从0开始记数，这里需要选择为4。

4.2 Grub2设置

Optilex 320号安装完成后，开机不出现Grub菜单而显示：Can not display this video mode - optimal resolution 1280 60Hz。

在askubuntu上查到解决方法：

gksu gedit /etc/default/grub Replace GRUB_GFXMODE=640x480 (or whatever resolution is default, I don't remember exactly) by GRUB_GFXMODE=1280x800 (or GRUB_GFXMODE=1280x1024 if it's not widescreen). Save the file. Open a terminal and run sudo update-grub

Update（2014.7.1）: 在Optilex 320台式机上，安装Xubuntu14.04后，只要把GRUB_GFXMODE前面的#号去掉，采取默认的640×480就可以显示Grub界面了。

4.3 Xfce Session设置

发现每次开机都自动运行Firefox 和Terminal终端（其实是恢复第一次关机时的状态）：

Xfce有自动保存Session的功能，默认是选择的，而我在第一次关机时选择了保存Session ，第二次关机里取消了选择，结果每次开机都以第一次保存的Session为启动默认选项。

解决方法：关闭所有程序，在关机选项选择“保存会话用于将来登录”，注消；再登录，取消选项。以后再使用就不会出现这样的情况了。