Java JNI的本意是Java Native Interface（Java本地接口），它是为了方便Java调用C、C++等本地代码所封装的一层接口。通过Java JNI，用户可以调用C、C++所编写的本地代码。
NDK是Android所提供的一个工具集合，通过NDK可以在Android中更加方便地通过JNI来访问本地代码，比如C或C++。NDK还提供了交叉编译器，开发人员只需要简单的修改mk文件就可以生成特定CPU平台的动态库。
使用NDK的好处：
1.提高代码的安全性。由于so库反编译比较困难，因此NDK提高了Android程序的安全性。
2.可以很方便的使用目前已有的C/C++开源库
3.便于平台间的移植。通过C/C++实现的动态库可以很方便的在其他平台上使用。
4.提高程序在某些特定情形下的执行效率，但是并不能明显提升Android程序的性能。
JNI和NDK开发所用到的动态库的格式是以.so为后缀的文件
一、JNI 的开发流程
1.在Java中声明native方法
2.编译Java源文件得到class文件，然后通过javah命令导出JNI的头文件
3.实现JNI方法
4.编译so库并在Java中调用
二、NDK的开发流程（NDK的开发是基于JNI的）
1.下载并配置NDK
2.创建一个Android的项目，并声明所需的native方法
3.实现Android项目中所声明的native方法
4.切换到jni目录的父目录，然后通过ndk-build命令编译产生so库
四、JNI的数据类型和类型签名
JNI类型映射
JNI数组存取函数
域和方法的函数
确定域和方法的函数
五、JNI调用Java方法的流程
1.通过类名找到类
2.根据方法名找到方法的id
3.调用这个方法（如果是调用Java中的非静态方法，需要构造出类的对象后才能调用）
来源：https://www.cnblogs.com/lushiju/p/5233833.html