表观遗传学
转录因子
基本转录因子：TFIID、A、B、F、E、H、 Pol II…
基转录因子具有稳定作用
组织特异性转录因子：GATA、EKLF、Bcl11A…
特异性是在特定组织中的细胞中时与细胞发育有关，组织特异性可用于制药
其它：FOG、CTCF、USF、Actin…
TATA box：ATATA、
应用：诊断罕见病；转录结构作为克隆载体的信息，以前仅考虑1kb内的结构，因为发现成环(3C实验)，所以现在也考虑远端原件，共同组成新的转录单元，比如promoter与enhancer之间的相互作用，promoter与下游promoter之间的关系。Insulator起到隔离上游enhancer作用和绝缘旁边promoter作用。LCR于作用下游enhancer。必须满足基本组分都存在，而且能够相互作用，才能成环。
细胞不同发育时期的基因开启或关闭，蛋白质复合物可在上游调控这些基因开启或关闭。Eg：EKLF打掉红细胞就不能运输氧气。
CTCF组织染色体结构的作用，可以使得性染色体失活，作为检测疾病的指标。在转录过程中的情况：
调控基因印记，父源gene甲基化不能表达，母源gene有CTCF（impromoter）没甲基化能表达：
A-USF在胚胎发育中的作用结果：
机制是
HATs组蛋白乙酰化阻断酶或者它组成复合物，改变下游gene开放程度。
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研究转录因子与DNA结合的实验技术
In vitro：电泳迁移率变动分析 (EMSA)
DNA Foot-printing
In vivo：染色质免疫沉淀 (ChIP)
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染色质免疫沉淀技术 (ChIP)
Chip-seq实验：可以看转录因子，自己也可以看转录因子间相互作用。
研究对象：组蛋白
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组蛋白甲基化
PAGE是一种----定性方法
Eg：H3组蛋白和Ac-H4修饰
质谱是一种定量方法
ChIp-PCR是一种定量方法
ChIp-CHIP芯片
CHIP-seq workflow
资料：Snyder M Group. Genome Res. 22:1813-1831 (2012)
文中阐述CHIP-seq的步骤、如何判别好坏抗体、怎么数据分析（eg：确定是一个峰）
现在已有专门软件。