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基因数量远小于蛋白质数量
（1）基因重排，在某些细胞中，可将一个基因从远离启动子的地方移到距它很近的位点从而启动转录，如抗体的合成（这里还涉及到抗体的结构）；
（2）可变剪接，特异性保留内含子或缺失外显子的部分或全部，是基因转录后调控的重要方式；
（3）蛋白质多亚基是这个问题的核心，以P型离子泵为例，在钠钾泵中，α亚基是主要的活性中心，而β亚基则是负责帮助α亚基折叠，本身无转运活性，多种P型离子泵的β亚基是共用的。也就是说，多数蛋白质是有多个亚基组合而成的，每一个位置都有好几种亚基，亚基之间的组合形成了多种蛋白质。
此外，在原核生物中，一个基因还可以编码多条肽链，这会更加丰富蛋白质的多样性。
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基因、染色体、蛋白质、DNA，RNA 之间的关系
真核生物的染色体由DNA：组蛋白：非组蛋白：RNA=1：1：1：0.05组成，DNA序列及其甲基化位点组成了细胞中最重要的遗传信息实体，组蛋白的作用在于帮助DNA形成特定结构、稳定DNA，同时围绕着组蛋白的30多种修饰在基因表达的调控中起到重要作用。
非组蛋白主要指各种与核苷酸和dNTP合成、复制、转录相关的蛋白质，包括各种酶与蛋白质因子。
