第一种情况：先加载Prototype，再加载jQuery
方法一：jQuery 库和它的所有插件都是在jQuery名字空间内的，包括全局变量也是保存在jQuery 名字空间内的。
使用jQuery.noConflict();主要作用是在任何时候，只要在jQuery加载后就可以调用，将$符号的使用权返回给其它的js库，jQuery在创建它自己的名字空间时就将其它库的$保存在自己的一个变量当中。
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<html>
<head>
<scriptsrc="prototype.js"></script>
<scriptsrc="jquery.js"></script>
<scripttype="text/javascript">
//各个js库之间的主要冲突在于$的冲突，这个方法是用来处理这个问题的
jQuery.noConflict();
//原本使用jQuery代码部分的$ 用jQuery替代
jQuery(document).ready(function (){
jQuery("div").hide();
});
// Use Prototype with $(...), etc.
$('proto').hide();
</script>
</head>
<body></body>
</html>
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方法二：如果你仍然想使用类似于$这样比较简短的字符，你可以将jQuery.noConflict()的返回值赋值给某个变量。这个变量就是jQuery的新缩写了，当然你可以使用$以外的任意字符串，比如：
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<html>
<head>
<scriptsrc="prototype.js"></script>
<scriptsrc="jquery.js"></script>
<scripttype="text/javascript">
//$j就相当于jQuery，名称你可以自主定义
var $j = jQuery.noConflict();
// Use jQuery via $j(...)
$j(document).ready(function (){
$j("div").hide();
});
// Use Prototype with $(...), etc.
$('proto').hide();
</script>
</head>
<body></body>
</html>
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方法三：如果你还是想使用$，而不想使用别的字符，也是可以的。而且通常程序员都比较喜欢这样做，因为这样做写好的代码几乎都不用替换原来的$符号。那就是利用名字空间的概念就所有的jQuery代码封装在document的ready事件名字空间范围内，如：jQuery(document).ready(这里填入jQuery代码)，Magento笔记喜欢使用这种方法：
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<html>
<head>
<scriptsrc="prototype.js"></script>
<scriptsrc="jquery.js"></script>
<scripttype="text/javascript">
jQuery.noConflict();
// Put all your code in your document ready area
jQuery(document).ready(function ($){
// 这样你可以在这个范围内随意使用$而不用担心冲突
$("div" ).hide();
});
// Use Prototype with $(...), etc.
$('proto' ).hide();
</script>
</head>
<body></body>
</html>
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第二种情况：先加载jQuery，再加载Prototype
按照这样的顺序加载，就不存在其它js库的$符号被jQuery占用的问题。所以对其它的js库的代码可以不作任何修改，照常使用$，而对 jQuery可以使用jQuery来替代$.如：
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<html>
<head>
<scriptsrc="prototype.js"></script>
<scriptsrc="jquery.js"></script>
<scripttype="text/javascript">
// 使用 jQuery 用 jQuery(...)
jQuery(document).ready(function (){
jQuery("div" ).hide();
});
// 使用 Prototype 时，用 $(...),
$('someid' ).hide();
</script>
</head>
<body></body>
</html>
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或者你不想写jQuery这么长的字符，你可以通过另外一种方法：
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var $j = jQuery;
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来实现简短一点的$j，这可能是最好的办法了。
不过，当你只想使用jQuery来写代码时，你可以通过名字空间仍然使用$,即采用和jQuery源代码一样的方法：
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<scripttype="text/javascript">
(function($) {
/* 在这个名字空间内，你可以随意使用$符号来引用jQuery，只不过是其它$被jQuery使用，你不能使用prototype或其它的js库
*/ }
)(jQuery)
</script>
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参考来源：http://docs.jquery.com/Using_jQuery_with_Other_Libraries
来源：oschina
链接：https://my.oschina.net/u/727370/blog/138604