转录组分析的正确姿势
转录组分析的正确姿势 转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较，寻找差异基因、标志基因、 协同变化基因 、差异剪接和新转录本，并进行 结果可视化 、 功能注释 和 网络分析 等。 转录组的测序分析也相对成熟，从RNA提取、构建文库、上机测序再到结果解析既可以自己完成，又可以在专业公司进行。 概括来看转录组的分析流程比较简单， 序列比对 - 转录本拼接 (可选) - 表达定量 - 差异基因 - 功能富集 - 定制分析 。整个环节清晰流畅，可以作为最开始接触高通量测序学习最合适的技术之一。 但重点和难点在于理解这些过程都是怎么做的，有什么需要注意的，结果怎么解读，后续分析怎么做。这些只有自己动手操作过，才可能有理解。而理解了一个，再去做其它类型分析，也会轻松很多。 而且现在三代测序火起来了，该怎么去选择呢? 三代测序能帮我们解决什么问题，不能做什么，有什么需要注意的，分析起来有什么不同，二代-三代如何统一分析？也是我们面临的一个新问题。 实验设计这块重要的是对照和至少 3 个生物学重复，并选择合适的测序通量。 ENCODE 要求重复之间的 Spearman correlation 值大于 0.9 (遗传背景不一致的生物重复相关系数要大于 0.8 )。定量基因表达和评估转录图谱相似性只需要中等测序深度；而研究新转录本和可变剪接则需要更深的测序