肿瘤

Nature:肿瘤转移后的基因组特征

别等时光非礼了梦想. 提交于 2019-12-04 11:27:23
Genomes captured during tumour spread 作者:Jillian F. Wise & Michael S. Lawrence 更好地理解导致癌症扩散的基因变化至关重要。对转移性癌症全基因组序列的全面研究将有助于研究人员实现这一目标。 图片来源(Peter et al. Nature, 2019)​ <更多精彩,可关注微信公众号:AIPuFuBio,和大型免费综合生物信息学资源和工具平台AIPuFu:www.aipufu.com> 癌症相关死亡的主要原因是癌细胞从其原发部位扩散到身体其他部位[1]。这种扩散过程被称为转移,通常涉及细胞应激源和环境冲击,它们会导致癌细胞发生剧烈变化。其中一个变化是对当前疗法的强烈抵制,这意味着迫切需要新的方法来对抗转移性疾病。Priestley等人在《自然》杂志上发表文章,利用全基因组测序(WGS)阐明了22种实体肿瘤转移后的基因组变化[2]。尽管先前的研究已经发现了这种变化的一些迹象[3,4],但这可能是第一次利用WGS的力量进行如此大规模的泛癌转移研究。 Priestley等人描述了2520例癌症患者转移性肿瘤的基因组特征(如图1所示)。在每种情况下,他们还分析了同一个人的非癌细胞样本。利用WGS,作者提出了在每个转移中发现的丰富的遗传突变目录。该目录补充了转移测序研究和原发性肿瘤的基因组学数据库

TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法

瘦欲@ 提交于 2019-11-30 05:50:36
肿瘤基因组图谱 (The Cancer Genome Atlas,TCGA) 计划是由美国国家癌症研究院(National Cancer Institute,NCI)和美国国家人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute,NHGRI)于2006年联合启动的项目,目前共计研究33种癌症类型。 TCGA利用大规模测序为主的基因组分析技术,从基因组、表观遗传组、转录组、蛋白质组等多个层析解析癌症的分子机制。最终完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的图谱以提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断、治疗和预防癌症的能力。作为目前最大的癌症基因信息的数据库,TCGA蕴藏着难以想象的宝贵信息。 通过整合分析TCGA数据库中33种癌症的基因组、表观遗传组、转录组和蛋白质组等多组学数据,AIPuFu平台( www.aipufu.com )开发了各种相应的免费应用,能帮助用户深度挖掘多种癌症的多组学数据,探究肿瘤发生发展的分子机制(更多精彩请关注微信公众号:AIPuFuBio)。 目前,AIPuFu平台提供的TCGA数据挖掘应用有: 1、《查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线(TCGA数据)》 地址: http://www.aipufu.com/goods-507.html 2、《查询各种癌症与对照中基因的甲基化差异情况

肿瘤新药临床研发设计要点

折月煮酒 提交于 2019-11-29 10:20:08
肿瘤新药临床研发设计要点 /根据迟海东博士演讲PPT整理 一、药物研发的模式 二、Ⅰ期临床研究 一般包括单次给药(16-24人)或多次给药(40-60人) 主要目的是研究药物初步的安全性,确定最大耐受剂量 主要针对健康受试者,抗肿瘤药Ⅰ期多为晚期肿瘤患者 几个重要概念 FHD:first human dose SAD:single ascend dose PK:pharmacokinetics ADME:absorption distribution metablism elimination MAD:multiple ascend dose MTD:maximum tolerated dose DLT:dose limited toxicity 剂量爬坡 剂量爬坡的节奏 太快:增加受试者风险 太慢:增加不必要的实验例数,浪费临床资源 递增的原则 初期幅度可较大,后期减小 安全性大的药物剂量递增幅度大,有的可成倍;安全性小的药物递增幅度小 经典3+3设计(standard 3+3 design) 优点 应用于90%的爬坡试验 简单易操作 临床中心经验丰富(研究者熟悉) 安全性高 缺点 限定患者人数,不够灵活 错误估计MTD 让过多的患者使用没有疗效的剂量 加速的剂量滴定爬坡(accelerated titration design,ATD) 优点:接受无效剂量的患者更少

系统性地认识癌症

情到浓时终转凉″ 提交于 2019-11-29 06:19:17
原文: https://blog.csdn.net/iamlaosong/article/details/89354477 --------------------------------------------------- 曾经在一篇涉及癌症的文章后面看到这样一个回帖: 癌症的核心内涵是转移扩散,医学上把会转移扩散的肿瘤称之为恶性肿瘤(即癌症)。 其实肿瘤根本就不会转移扩散,癌细胞会转移扩散是美国人捏造的医学谣言。全世界人都上美国人的当了。 科学真相是肿瘤根本不会转移扩散。截止2019年的今天,全世界没有任何科学实验能够证明此肿瘤是从彼肿瘤处转移过来的。也没有任何科学实验观察到了癌细胞转移的全过程、全路径。 转移扩散的理论来源于在血液中发现了肿瘤细胞,但这并不能证明是在转移,因为从来没有人观察到了肿瘤细胞下一步穿透血管壁的过程;进入新组织的过程;在新组织中生长发育的过程。 假如癌细胞真的会转移扩散,证明方法并不难。假如A肿瘤是从B肿瘤处转移过来的,那么AB两个肿瘤的突变基因应当是一致的。全世界有一亿多癌症患者,只要能找到一例癌症患者的两个肿瘤的突变基因是一致的。就能证转移关系是存在的。 质问天下医学家,请问:“你们找到一例来证明了吗?”,没有,全世界至今一例也没有找到。转移扩散理论根本就没有可靠的科学证据,只是医学家们的主观臆想。其实是美国捏造的医学谣言

Cancer genes census

一世执手 提交于 2019-11-28 21:52:16
CGC,简单理解癌症基因调查。最早由sanger研究所发表于《Nature Reviews Cancers》, doi:10.1038/nrc1299 文章Summary: We have conducted a census from the literature of genes that are mutated and causally implicated in cancer development (‘cancer genes’). • So far, 291 cancer genes have been reported, more than 1% of all the genes in the human genome. • 90% of cancer genes show somatic mutations in cancer, 20% show germline mutations and 10% show both. • The most common mutation class among the known cancer genes is a chromosomal translocation that creates a chimeric gene or apposes a gene to the regulatory elements of

genetic heterogeneity 遗传异质性

无人久伴 提交于 2019-11-26 00:59:36
《百度百科》: 在遗传学中,基因型决定表型。但表型相同的个体,可能具有不同的基因型,即一种性状可以由多个不同的基因控制。这种现象称为遗传异质性(gentic heterogeneity)。 在肿瘤研究中,genetic heterogeneity指的是:在癌组织里,每个细胞的基因组都是不一样的。这个细胞中可能是基因abcd突变,那个细胞中可能是bdfg突变,它们有共同突变的序列,也有不同的突变,而这种不同的突变,也会造成每个细胞会具有些许不同的性质。 肿瘤异质性是指同一种恶性肿瘤在不同患者个体间或者同一患者体内不同部位肿瘤细胞间从基因型到表型上存在的差异。这种差异发生在不同个体中可表现出不同的 遗传 背 景如染色体量与质的差异,不同细胞病例类型、不同临床阶段不同分化程度细胞演进的多样性,同质肿瘤在分子水平也存在显著差异:比如基因表达谱、网络调控、 突变谱等方面的不同。发生在同一肿瘤患者体内可表现出不同部位肿瘤细胞间的突变基因谱和生物学特性等方面的不一致,体现了恶性 肿瘤 在演进过程中的高度复杂性和多样性。 由于肿瘤组织内部存在不同亚型的肿瘤细胞,因此不同肿瘤细胞表现出免疫特性、生长速度、侵袭能力等表型方面的差异,最终导致对不同抗 肿瘤 药物的敏感性不同或放疗敏感性的差异。 参考文献: http://news.bioon.com/article/6707045.html