系统发育树

文章转载于 Original 2017-07-08 Berlin 生信百科 达尔文在19世纪中叶创立了科学的生物进化学说——达尔文进化论。以自然选择为主要核心，他第一次对整个生物界中的发生和发展做出了唯物的、规律性的一个解释，从而推翻了特创论等唯心主义的形而上学在生物学当中的统治地位，使得进化生物学发生了一场革命性的变革。 其中共同祖先学说是构建系统发育树的理论基础(phylogenetic tree)，共同祖先学说表明地球上的一切生命形式都有一个共同的起源，无论动物、植物、真菌、原生生物，还是原核生物，它们都藉由一部共同的进化历史而有着或近或远的关联，所有的生物都来自共同的祖先。分子生物学发现了所有的生物都使用同一套遗传密码，生物化学揭示了所有生物在分子水平上有高度的一致性。 然而，重建所有生物的进化历史并以一种树状结构即系统发育树的形式来表示生物类群之间的进化关系， 一直是系统发育学研究的核心问题， 也是进化生物学研究的重要内容之一。建立可靠的系统发育关系不仅是生物分类和命名的基础， 也是阐明类群起源和扩散、探讨性状演化以及揭示物种形成机制的前提。 利用大量分子序列进行系统发育重建成为可能。分子数据， 尤其是DNA序列， 其数据的丰富性、在所有生物体中的可比性，以及数据分析的规范性等特点使它成为进化生物学研究的重要手段，