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肺腺癌:大规模蛋白组学分析

假如想象 提交于 2021-01-16 02:57:04
E ditor's note 编者按 2020年7月9日, 国际顶级期刊 Cell 同期发表了 3篇 关于肺癌的临床蛋白质组分析文章,分别来自 中国大陆、中国台湾以及CPTAC组织的研究团队 。 肺癌是发病率最高的癌症,而蛋白质 组是精准医 学的新趋势。 肺癌是全世界发病和死亡人数最多的癌症,五年生存期不足20%。在其病理分型中,肺腺癌 (LUAD) 是最为常见的肺部恶性肿瘤,占比约40%。由于肺癌的高发病率和高致死率,其已经成为了人类生命健康的重要威胁,同时也一直是科学家们希望竭力攻克的“堡垒”。 然而,越来越多的证据显示,肿瘤的发生发展并不是基因突变的集合。首先,肿瘤组织出现异常的直接原因是执行功能的蛋白质发生了异常变化,而这些异常并不能在基因层面被完全反映出来。再者,目前药物作用的直接靶点都是蛋白质,而不是基因。人们之所以去检测基因,实际上是希望这些基因能够间接反映出其对应蛋白质层面的功能信息。 因此,直接检测临床肿瘤样品的蛋白质组,是未来研究的必然趋势。 无论是生信分析还是基础研究,中心法则都是基础。各个层次的组学研究也是以中心法则为基础展开的。 这类研究过去已经在乳腺癌、胃癌、肝癌等方面取得了很好的成果,但在肺癌方面还没有大规模的分析报道。因此,这篇由中科院药物所 谭敏佳 研究员、北京蛋白质组研究中心 贺福初 院士、 汪宜 研究员、中国医学科学院 肖汀 教授、上海交通大学

肺腺癌:大规模蛋白组学分析

倖福魔咒の 提交于 2021-01-16 01:55:25
肺癌是全世界发病和死亡人数最多的癌症,五年生存期不足20%。 在其病理分型中,肺腺癌 (LUAD) 是最为常见的肺部恶性肿瘤之一,占比约40%。由于肺癌的高发病率和高致死率,其已经成为了人类生命健康的重要威胁,同时也一直是科学家们希望竭力攻克的“堡垒”。 然而,越来越多的证据显示,肿瘤的发生发展并不是基因突变的集合。首先,肿瘤组织出现异常的直接原因是执行功能的蛋白质发生了异常变化,而这些异常并不能在基因层面被完全反映出来。再者,目前药物作用的直接靶点都是蛋白质,而不是基因。人们之所以去检测基因,实际上是希望这些基因能够间接反映出其对应蛋白质层面的功能信息。 因此,直接检测临床肿瘤样品的蛋白质组,是未来研究的必然趋势。 无论是生信分析还是基础研究,中心法则都是基础。各个层次的组学研究也是以中心法则为基础展开的。 这类研究过去已经在乳腺癌、胃癌、肝癌等方面取得了很好的成果,但在肺癌方面还没有大规模的分析报道。因此,这篇由中科院药物所 谭敏佳 研究员、北京蛋白质组研究中心 贺福初 院士、 汪宜 研究员、中国医学科学院 肖汀 教授、上海交通大学 李婧 教授合作发表的中国大陆人群肺腺癌蛋白组学分析“ Integrative Proteomic Characterization of Human Lung Adenocarcinoma ”研究论文 [1] ,具有开创性意义 (图1) 。 图1.

蛋白组学:女性肺腺癌的发病机制

て烟熏妆下的殇ゞ 提交于 2021-01-15 22:51:59
上篇为大家介绍了 中国大陆人群肺腺癌蛋白组学分析 , 今天为大家介绍我国台湾省台湾大学 的 Chen-Yu Ju 、台湾中央研究院 Pan-Chyr Yang 合作 团队发表的 Cell 肺癌蛋白组文章,标题为“ Proteogenomics of Non-smoking Lung Cancer in East Asia Delineates Molecular Signatures ofPathogenesis and Progression ”。 文章中,研究人 员针对中国台湾收集的以 东亚女性 为代表的 非吸烟肺癌临床样本 ,通过基因组、转录组、蛋白组和磷酸化修饰组学揭示了非吸烟肺癌早期的临床特征、潜在分型以及治疗标志物, 对于非吸烟肺癌患者的早期诊治具有重要的临床意义。 图1. 我国台湾研究团队关于非吸烟肺癌的蛋白基因组分析 众所周知, 吸烟会大大增加肺癌发生概率,然而由于环境污染和二手烟、三手烟带来的危害,不吸烟人群,尤其是不吸烟的女性群体的肺癌发生率越来越高 。作者列举了我国台湾人口统计数据, 不吸烟的肺癌患者占多数(53%),其中女性占比93%。 尽管已经报道了一些针对肺癌患者基因组的研究成果,但是非吸烟人群早发机制及分子特征目前还缺乏深入的研究。 为了构建非吸烟LUAD患者样本的蛋白基因组全景图,研究者对台湾103例未治疗肺癌患者的癌和癌旁组织 (样本策略)

肺腺癌:非吸烟肺癌的蛋白组学

我的未来我决定 提交于 2021-01-15 07:38:46
上篇为大家介绍了 中国大陆人群肺腺癌蛋白组学分析 , 今天为大家介绍我国台湾省台湾大学 的 Chen-Yu Ju 、台湾中央研究院 Pan-Chyr Yang 合作 团队发表的 Cell 肺癌蛋白组文章,标题为“ Proteogenomics of Non-smoking Lung Cancer in East Asia Delineates Molecular Signatures of Pathogenesis and Progression ”。 文章中,研究人 员针对中国台湾收集的以 东亚女性 为代表的 非吸烟肺癌临床样本 ,通过基因组、转录组、蛋白组和磷酸化修饰组学揭示了非吸烟肺癌早期的临床特征、潜在分型以及治疗标志物, 对于非吸烟肺癌患者的早期诊治具有重要的临床意义。 图1. 我国台湾研究团队关于非吸烟肺癌的蛋白基因组分析 众所周知, 吸烟会大大增加肺癌发生概率,然而由于环境污染和二手烟、三手烟带来的危害,不吸烟人群,尤其是不吸烟的女性群体的肺癌发生率越来越高 。作者列举了我国台湾人口统计数据, 不吸烟的肺癌患者占多数(53%),其中女性占比93%。 尽管已经报道了一些针对肺癌患者基因组的研究成果,但是非吸烟人群早发机制及分子特征目前还缺乏深入的研究。 为了构建非吸烟LUAD患者样本的蛋白基因组全景图,研究者对台湾103例未治疗肺癌患者的癌和癌旁组织 (样本策略)

GWAS ATLAS:最全面的GWAS数据库

假装没事ソ 提交于 2021-01-13 22:10:24
欢迎关注”生信修炼手册”! GWAS ATLAS数据库收录了来自4756个人类不同表型的GWAS结果,并进行了不同表型间的遗传相关性分析,对应的文献发表在nature genetics上,链接如下 https://www.nature.com/articles/s41588-019-0481-0 数据库的网址如下 https://atlas.ctglab.nl/ 该数据库不仅仅是一个gwas结果存储的数据库,对于收录的原始gwas结果,进行了深入挖掘,提供了risk loci, LDSC, MAGMA基因集关联分析,多种表型间的遗传相关性分析等结果。 分成了以下3大模块 1. Browse GWAS 查看gwas分析结果,包含了以下几点内容 manhattan plot lead snp and risk loci gene-based association results SNP heritability and genetic correlations GWAS分析最经典的展示结果就是曼哈顿图和QQ图了,示意如下 基于gwas结果,分析了lead snp和risk loci, 结果示意如下 利用MAGMA软件进行了基因集的关联分析,结果示意如下 利用LDSC分析,评估了表型对应的SNP遗传力,结果示意如下 2. Multiple GWAS comparison

MS17-010 "Eternal Blue(永恒之蓝)”, 修复补丁下载汇总地址!

纵饮孤独 提交于 2020-08-11 02:53:31
MS17-010 "Eternal Blue(永恒之蓝)”官方修复补丁,下载连接汇总地址 Product (Down-level) Release Date CDN Link Security Update for Windows Server 2003 for x64-based Systems (KB4012598) 5/13/2017 http://download.windowsupdate.com/d/csa/csa/secu/2017/02/windowsserver2003-kb4012598-x64-custom-enu_f24d8723f246145524b9030e4752c96430981211.exe Security Update for Windows 8 for x64-based Systems (KB4012598) 5/13/2017 http://download.windowsupdate.com/c/msdownload/update/software/secu/2017/05/windows8-rt-kb4012598-x64_f05841d2e94197c2dca4457f1b895e8f632b7f8e.msu Security Update for Windows 8 (KB4012598) 5/13/2017 http:/

winxp添加TLS1.1、TLS1.2支持

和自甴很熟 提交于 2020-08-04 11:15:07
随着国安要求,公司很多产品远端链接都需要VPN,最近发现客户无法使用VPN,经过一翻对比和追查,发现原来是winxp原生不支持TLS1.1和TLS1.2,经过搜索找到解决办法(其实是官方提供的,只是用xp的少了,也就渐渐被埋没了),不敢独享,特此分享! 1.新建一个.txt文件,重命名为"POSReady.reg",并输入以下内容 Windows Registry Editor Version 5.00 [HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\WPA\PosReady] "Installed"=dword:00000001 双击运行"PoSReady.reg",导入注册表 2.下载补丁包并更新 http://www.catalog.update.microsoft.com/search.aspx?q=kb4019276 选择"Update for WES09 and POSReady 2009 (KB4019276)"下载,并运行补丁包 3.新建一个.txt文件,重命名为"enable_tls.reg"(名字随便),并输入以下内容 Windows Registry Editor Version 5.00 [HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SecurityProviders\SCHANNEL

Python pandas教程推荐

我的梦境 提交于 2020-07-29 07:50:08
简介 下面内容为github作者的Pandas学习笔记,目前是我看到最好的资料,没有之一。搬砖: https://github.com/datawhalechina/joyful-pandas/blob/master/README.md ​ github.com Joyful-Pandas 【本教程与Pandas官方最新发行版本保持同步,当前版本: v-1.0.3 】 【注意】使用教程前请务必将Pandas升级到最新版本,否则可能会有代码运行报错 一、写作初衷 在使用Pandas之前,几乎所有的大型表格处理问题都是用xlrd/xlwt和python循环实现,虽然这已经几乎能完成一切的需求,但其缺点也显而易见,其一就是速度问题,其二就是代码的复用性几乎为0。 曾经也尝试过去零星地学Pandas,但不得不说这个包实在太过庞大,每次使用总觉得盲人摸象,每个函数的参数也很多,学习的路线并不是十分平缓。如果你刚刚上手使用Pandas,那么在碎片的学习过程中,报错是常常发生的事,并且很难修(因为不理解内部的操作),即使修好了下次又不会,令人有些沮丧。 2019秋季,我偶然找到了一本完全关于Pandas的书,Theodore Petrou所著的Pandas Cookbook,现在可在网上下到pdf,不过现在还没有中文版。寒假开始后,立即快速地过了一遍,发现之前很多搞不清的概念得到了较好的解答

回顾 | Tencent Serverless Hours 线上分享会第一期

谁说我不能喝 提交于 2020-05-09 10:17:50
5 月 8 日 15:00,由腾讯云 Serverless 主办的 Tencent Serverless Hours 第一期线上分享会如期举行。本次分享会主题是云函数,邀请到了腾讯云高级产品经理黄文俊 (Alfred) 和腾讯云高级前端开发工程师蔡卫峰 (Wes) 进行相关分享和实战演示,会议在腾讯云大学平台同步直播,近五百人参加了本次分享会。 议题一:如何借助 layer 实现云函数快速打包、轻松部署 分享会的第一个议题是「如何借助 layer 实现云函数快速打包、轻松部署」 腾讯云高级产品经理黄文俊 (Alfred) 首先展示了多函数开发常见的一些问题,例如:重复下载和存储、管理复杂、上传耗时,并分享了以下解决思路: 接着简要介绍了解决方案中用到的层的功能特性。最后,Alfred 用两个实际案例,带着参会的同学一起进行了实战: 实战案例 1 拨测并通过邮件发送拨测异常:使用库 requests 实战案例 2 拨测并通过 CMQ 消息队列发送消息:使用库 requests、cmqsdk 讲师 Alfred 会中分享源代码下载: https://testpage-1252724067.cos.ap-guangzhou.myqcloud.com/share/layer_demo_clean.zip 实操 git 地址: https://github.com/tencentyun

回顾 | Tencent Serverless Hours 线上分享会第一期

落花浮王杯 提交于 2020-05-09 08:51:56
5 月 8 日 15:00,由腾讯云 Serverless 主办的 Tencent Serverless Hours 第一期线上分享会如期举行。本次分享会主题是云函数,邀请到了腾讯云高级产品经理黄文俊 (Alfred) 和腾讯云高级前端开发工程师蔡卫峰 (Wes) 进行相关分享和实战演示,会议在腾讯云大学平台同步直播,近五百人参加了本次分享会。 议题一:如何借助 layer 实现云函数快速打包、轻松部署 分享会的第一个议题是「如何借助 layer 实现云函数快速打包、轻松部署」 腾讯云高级产品经理黄文俊 (Alfred) 首先展示了多函数开发常见的一些问题,例如:重复下载和存储、管理复杂、上传耗时,并分享了以下解决思路: 接着简要介绍了解决方案中用到的层的功能特性。最后,Alfred 用两个实际案例,带着参会的同学一起进行了实战: 实战案例 1 拨测并通过邮件发送拨测异常:使用库 requests 实战案例 2 拨测并通过 CMQ 消息队列发送消息:使用库 requests、cmqsdk 讲师 Alfred 会中分享源代码下载: https://testpage-1252724067.cos.ap-guangzhou.myqcloud.com/share/layer_demo_clean.zip 实操 git 地址: https://github.com/tencentyun