xgene:WGS,突变与癌,RNA-seq,WES
人类全基因组测序06 SNP( single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了。 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP。又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个。 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的。 indel :(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入、和缺失突变。一个普通黄种人的基因组和hg19相比,约有50万个Indel。其中落在外显子上的,大概在1千个左右。 那么Indel如果一旦落在外显子区域,它 一定会 引起蛋白质序列变化的。 如果它引起的是移码突变,那么在移码位点之后,所有氨基酸序列就和原来的序列完全不同。 如果它(基因)还能保持原来的阅读框,也会引起蛋白质中若干个氨基酸的增或者减。 SV : structure variation 染色体结构变异 1、 染色体内部的位移 2、 染色体之间的位移 3、 大片段的缺失 4、 大片段的插入 5、 大片倍的加倍 6、 大片段的倒位 CNV :copy number variation 拷贝数变异, 是指染色体片段的拷贝数变异:包括拷贝数增加,也包括拷贝数减少