外显子

xgene:WGS,突变与癌,RNA-seq,WES

不想你离开。 提交于 2019-12-22 02:13:36
人类全基因组测序06 SNP( single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了。 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP。又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个。 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的。    indel :(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入、和缺失突变。一个普通黄种人的基因组和hg19相比,约有50万个Indel。其中落在外显子上的,大概在1千个左右。     那么Indel如果一旦落在外显子区域,它 一定会 引起蛋白质序列变化的。       如果它引起的是移码突变,那么在移码位点之后,所有氨基酸序列就和原来的序列完全不同。       如果它(基因)还能保持原来的阅读框,也会引起蛋白质中若干个氨基酸的增或者减。    SV : structure variation 染色体结构变异      1、 染色体内部的位移 2、 染色体之间的位移 3、 大片段的缺失 4、 大片段的插入 5、 大片倍的加倍 6、 大片段的倒位    CNV :copy number variation 拷贝数变异, 是指染色体片段的拷贝数变异:包括拷贝数增加,也包括拷贝数减少

基因组测序、外显子测序和靶向测序有什么样的区别,如何选择?

断了今生、忘了曾经 提交于 2019-11-29 17:20:59
自从第一代测序技术Sanger测序发明以来,使得人们可以不断在单碱基水平研究各物种的基因组序列 。由于Sanger测序价格昂贵,测序通量低等劣势,2005年左右二代测序相继被开发出来,极大地降低了测序的价格和提升了测序的通量。现在测一个人的基因组序列,只需不到1000美元。 测序可以在很多不同的层面开展,包括基因组层面、转录组层面、甲基化层面、免疫共沉淀测序等。今天我们重点讨论一下基因组层面的测序。 基因组层面的测序主要可以分为三大类: 全基因组测序(whole-genome sequencing,简称WGS)、全外显子测序(whole-exome sequencing,简称WES)、靶向测序(targeted sequencing或panel sequencing) (更多精彩请关注微信公众号:AIPuFuBio)。 全基因组测序 ,顾名思义就是对整个基因组的所有碱基进行测序,这样就可以获得整个基因组的序列情况,主要应用有基因组组装、各类基因组变异的鉴定,包括结构变异等。 全基因组测序示意图( 图片来源:http://www.genomesop.com/) 全外显子测序 ,是对基因组的所有外显子进行测序(通常是编码基因的外显子)。对于人来说,外显子序列大概占到人类基因组序列的2%左右。主要应用于鉴定单核苷酸变异或少量碱基的插入或缺失等。 全外显子测序示意图( 图片来源:http:

基因组测序、外显子测序和靶向测序有什么样的区别,如何选择?

谁说我不能喝 提交于 2019-11-29 16:56:45
自从第一代测序技术Sanger测序发明以来,使得人们可以不断在单碱基水平研究各物种的基因组序列。 由于Sanger测序价格昂贵,测序通量低等劣势,2005年左右二代测序相继被开发出来,极大地降低了测序的价格和提升了测序的通量。现在测一个人的基因组序列,只需不到1000美元。 测序可以在很多不同的层面开展,包括基因组层面、转录组层面、甲基化层面、免疫共沉淀测序等。今天我们重点讨论一下基因组层面的测序。 基因组层面的测序主要可以分为三大类:全基因组测序(whole-genome sequencing,简称WGS)、全外显子测序(whole-exome sequencing,简称WES)、靶向测序(targeted sequencing或panel sequencing) (更多精彩请关注微信公众号:AIPuFuBio)。 全基因组测序 ,顾名思义就是对整个基因组的所有碱基进行测序,这样就可以获得整个基因组的序列情况,主要应用有基因组组装、各类基因组变异的鉴定,包括结构变异等。 全基因组测序示意图( 图片来源:http://www.genomesop.com/) 全外显子测序 ,是对基因组的所有外显子进行测序(通常是编码基因的外显子)。对于人来说,外显子序列大概占到人类基因组序列的2%左右。主要应用于鉴定单核苷酸变异或少量碱基的插入或缺失等。 全外显子测序示意图( 图片来源:http:/