vmd

1、在使用VMD 的TOPO 工具中，如何将两个… .pdb分子和起来作为LAMMPS的输入data呢？ 2、假设存在两个part.pdb 文件，我们想将它和起来。 step1 ： 在VMD的命令窗口 TK console 中 输入； logfile console：在窗口中输出每一步的命令； 这里需要用到TOPO这个工具 在窗口中输入： package require topotools 1.1 step2 ： set midlist {} set mol [mol new part1.psf waitfor all] mol addfile part1.pdb lappend midlist $mol set mol [mol new part2.psf waitfor all] mol addfile part2.pdb $mol lappend midlist $mol step3 ： set mol [::TopoTools::mergemols $midlist] animate write psf merged.psf $mol ### merged.psf 文件名 animate write pdb merged.pdb $mol 或者可以 : topo writelammpsdata <filename.data> final step ： 这样就做好了！ 来源：

作者：桂。 时间：2017-03-06 20:57:22 链接： http://www.cnblogs.com/xingshansi/p/6511916.html 前言 本文为 Hilbert变换一篇 的内容补充，主要内容为： 　　1）EMD原理介绍 　　2）代码分析 　　3）一种权衡的小trick 　　4）问题补充 内容主要为自己的学习总结，并多有借鉴他人，最后一并给出链接。 一、EMD原理介绍 　　A-EMD的意义 很多人都知道EMD(Empirical Mode Decomposition)可以将信号分解不同频率特性，并且结合Hilbert求解包络以及瞬时频率。 EMD、Hilbert、瞬时频率三者有无内在联系？答案是：有。 按照 Hilbert变换一篇 的介绍， $f(t) = \frac{{d\Phi (t)}}{{d(t)}}$ 然而，这样求解瞬时频率在某些情况下有问题，可能出现$f(t)$为负的情况：我1秒手指动5下，频率是5Hz；反过来，频率为8Hz时，手指1秒动8下，可如果频率为-5Hz呢？负频率没有意义。 考虑信号 $x(t) = {x_1}(t) + {x_2}(t) = {A_1}{e^{j{\omega _1}t}} + {A_2}{e^{j{\omega _2}t}} = A(t){e^{j\varphi (t)}}$ 为了简单起见，假设$A_1$和$A

下载安装包：vmd-1.9.4a27.bin.LINUXAMD64-CUDA9-OptiX510-OSPRay170.opengl.tar.gz 解压：tar -zxvf vmd-1.9.4a27.bin.LINUXAMD64-CUDA9-OptiX510-OSPRay170.opengl.tar.gz 进入解压文件：cd vmd-1.9.4a27 然后：./configure LINUXAMD64 (这一步不加会出错) 然后 ：cd src 然后： make install 然后我就总出现这个问题，一直没解决。。。。 先存着，以后弄懂了在改 来源： https://www.cnblogs.com/shenmiran/p/11386903.html