从VCF文件画PCA图
1. 使用plink 获取 SNP_test.eigenvec 文件 plink --maf 0.05 --allow-extra-chr --vcf SNP.vcf --pca header tabs -out SNP_test eigenvec 文件格式如下： FID IID PC1 PC2 PC3 PC4 F2 H -0.101378 -0.366086 0.778957 -0.498928 F2 N -0.145292 -0.590011 -0.616724 -0.500428 F P -0.561637 0.653219 -0.0865941 -0.500371 M P 0.808194 0.30195 -0.0733369 -0.500271 2. 使用R进行画图： #!/bin/R library("FactoMineR") library("factoextra") data <- read.table("SNP_test.eigenvec",header = TRUE,sep="\t") data3 <- data[,-1] data2 <- as.data.frame(data3) pdf("SNP_test_pca.pdf") ggplot(data2, aes(x=data$PC1,y=data$PC2,color=data$IID)) + geom