R-Project

问题： 最近把R版本升级为4.0.3以后以前很多包都不能用了，原来的安装方法也失效了。网上的安装教程基本也是过期的。（升级后不仅很多包要重新安装，安装后有些原来版本的（3.6版本）函数都不能用了，而关键是网上教程相对叫老或者少，这可能就是为什么R相对Python越来越少的原因之一吧） 解决办法： 不管什么版本可参看如下步骤的方法，如果老版本可能前面几步就解决了。本人是4.0.3版本。 1、以前可安装成功的办法 library ( "devtools" ) library ( "githubinstall" ) install_github ( repo = "Rwebdriver" , username = "crubba" ) 报错提示如下： 根据提示是Rtools版本不对，要下载4.0版本的 2、 https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ 下载安装4.0版本 照样提示错误： 根据提示：参数username 有问题。 3、参考 https://bbs.pinggu.org/forum.php?mod=viewthread&tid=6817338 中的一个写法 install_github ( "crubba/Rwebdriver" ) 错误信息： 4、install_github(“crubba/Rwebdriver”

零、R与Rstudio的关系 R提供了语言环境，它提供了R的语法规则，编译，扩展包等信息。如果只用它自带的软件包来编写和调试R脚本的话，既耗时又费力，甚至不具有开发完整项目的条件。 所以，Rstudio提供了一个人性化的可视界面来操作R语言。在软件里可以创建完整的项目，编写脚本，查看变量值，获取绘图的结果等等。 打个比方，如果R是马，那么Rstudio就是马鞍。直接骑马的话也可以，但是人们不怎么舒服，如果加上马鞍，不仅美观漂亮而且还能提高效率。 一、R下载及安装 1.下载 https://cran.r-project.org/mirrors.html 选择清华的TUNA镜像 根据需要选择下载，以windows下载为例 选择 base 点击下载 2.安装 确定 Next 选安装目录时候，需要注意没必要安装在C盘，后续安装包会占用资源。建议在其他盘创建目录，然后以R版本号命名的方式安装R。 比如我在E盘下的 R 目录: Next Next Finish ，安装完成 二、Rstudio下载及安装 1.下载 https://rstudio.com/products/rstudio/download 这里以安装window版为例 2.安装 下一步 与安装R一样，设置一个以版本命名的文件夹，比如我的是 E:\R\Rstudio1.2.5\RStudio 安装 安装完成 安装好，会在任务栏中显示

画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”，简约方便。下面具体介绍以下。 一、画曼哈顿图 install.packages("qqman") library(qqman) 　　 1、准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults（如果没有zscore可以不用管），如下所示： 2、上代码，如下所示： manhattan(gwasResults) 　　 如果觉得不够美观，考虑添加一下参数： manhattan(gwasResults, main = "Manhattan Plot", ylim = c(0, 10), cex = 0.6, cex.axis = 0.9, col = c("blue4", "orange3"), suggestiveline = F, genomewideline = 6, chrlabs = c(1:20, "P", "Q")) 　　 二、画 QQ plot 图 直接上代码： qq(gwasResults$P) 　　 同样的，还可以修改参数，美观一下： qq(gwasResults$P, main = "Q-Q plot of GWAS p-values", xlim = c(0, 7), ylim = c(0, 12), pch = 18, col = "blue4", cex = 1.5, las = 1) 　　 三

画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”，简约方便。下面具体介绍以下。 一、画曼哈顿图 install.packages("qqman") library(qqman) 　　 1、准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults（如果没有zscore可以不用管），如下所示： 2、上代码，如下所示： manhattan(gwasResults) 　　 如果觉得不够美观，考虑添加一下参数： manhattan(gwasResults, main = "Manhattan Plot", ylim = c(0, 10), cex = 0.6, cex.axis = 0.9, col = c("blue4", "orange3"), suggestiveline = F, genomewideline = 6, chrlabs = c(1:20, "P", "Q")) 　　 二、画 QQ plot 图 直接上代码： qq(gwasResults$P) 　　 同样的，还可以修改参数，美观一下： qq(gwasResults$P, main = "Q-Q plot of GWAS p-values", xlim = c(0, 7), ylim = c(0, 12), pch = 18, col = "blue4", cex = 1.5, las = 1) 　　 三

本文最新版已更新至 http://thinkinside.tk/2013/05/03/r_notes_1_what.html 在学习量化投资的时候，我发现了R（ www.r-project.org ）。R到底是什么呢？在开始之前，先看看R的神奇之处。 1. R初窥 从CRAN（The Comprehensive R Archive Network） cran.r-project.org—mirrors.html 中选择一个镜像，然后下载合适的安装包（R支持Linux、Mac OS X和Windows）。 安装并运行R后，可以看到R的控制台（我的操作系统是Mac OS）： 在R的控制台输入如下命令： > install.packages( ' quantmod ' ) # 安装quantmod包 > require(quantmod) # 引用quantmod包 > getSymbols( " GOOG " ,src= " yahoo " , from = " 2013-01-01 " , to= ' 2013-04-24 ' ) # 从雅虎财经获取google的股票数据 > chartSeries(GOOG,up.col= ' red ' ,dn.col= ' green ' ) # 显示K线图 > addMACD() # 增加MACD图 就能够看到下图的效果了： 最后，退出R：

安装R语言 我们使用apt的方式进行安装,步骤如下: 首先需要在/etc/apt/sources.list文件的末尾添加 deb https://<my .favorite .cran .mirror >/bin/linux/ubuntu artful/ deb https://<my .favorite .cran .mirror >/bin/linux/ubuntu xenial/ deb https://<my .favorite .cran .mirror >/bin/linux/ubuntu trusty/ 在/etc/apt/sources.list文件中，用您喜欢的CRAN镜像的实际URL替换 sudo apt- get update sudo apt- get install r- base # 需要从源代码编译R软件包的用户[例如软件包维护人员或任何使用install.packages（） # 安装软件包的人）也应该安装r-base-dev软件包： sudo apt- get install r- base -dev 之后为可选内容 Ubuntu的R软件包与Debian软件相似。您可以在位于 https://cran.R-project.org/bin/linux/debian/ 的Debian README文件中找到更多信息。

一位朋友给我发送了关于 R的网上抓取 这个很棒的教程。 我真的很想尝试。 但是，第一步是从源代码安装一个名为RJSONIO的软件包。 我对R非常了解，但是我不知道如何从源代码安装软件包。 我正在运行Mac OSX。 #1楼 如果您在本地拥有文件，则使用 install.packages() 并设置 repos=NULL ： install.packages(path_to_file, repos = NULL, type="source") 其中 path_to_file 将代表完整路径和文件名： 在Windows上，它将类似于： "C:\\\\RJSONIO_0.2-3.tar.gz" 。 在UNIX上，它将类似于： "/home/blah/RJSONIO_0.2-3.tar.gz" 。 #2楼 下载源程序包，打开Terminal.app，导航到您当前拥有文件的目录，然后执行： R CMD INSTALL RJSONIO_0.2-3.tar.gz 请注意，只有在以下情况之一时，此操作才会成功：a）软件包不需要编译，或者b）存在用于编译的所需系统工具。 参见： https : //cran.r-project.org/bin/macosx/tools/ #3楼 您可以直接从存储库安装（请注意 type="source" ）： install.packages("RJSONIO",