基因组选择和大效应SNP分析的实现方法
这是之前做的笔记，最近要优化GS的模型，考虑大效应QTL，GWAS和GS结合。温习一下，总结一下实现方法。 编者自语: asreml是非常强大的软件, 由于太强大, 很多人不会使用. 基因组选择在育种中的应用, 其基础是常规的系谱动物模型, 动物模型也可以很复杂, 看一下asreml的说明书就知道了, 有300多页, 据我了解, 其厚度可以用这个公式表示: 这说明一个问题, Arthur Gilmour教授(asreml的作者)是一个非常有耐心, 也非常厉害的统计学家, 他花费了自己的大半生, 将自己的心血编程了这个软件, 我很佩服. 这个教程是asreml在基因组选择和分子育种中的应用, 下面是我的读书笔记. 一个朋友说, 我们这个圈子很小了, 如果大家再不知道怎么分享, 怎么交流, 那我们这个学科以后怎么办呢, 这也是我停不下来的原因. 尼采说过: 力的过剩, 是力的证明. 他把不务正业说的这么理所应当, 搞得我将斜杠青年进行到底的决心变得更加稳固. 废话少说, 以下是目录. 目录: 简介 这篇文档的主要目标是介绍ASReml在基因组分析中的实现方法, 它假定读者有一定的统计基础. 在本文档中, 不对统计和模型做过多的介绍. 1, 单标记分析 示例数据: ID,effect,SNP_1,SNP_100,SNP_1000,SNP_101,SNP_102,SNP_103,SNP