PaddlePaddle从病毒手里抢时间:百度研究院研发RNA测序算法检测速度提升120倍
1月30日,百度研究院宣布,将向各基因检测机构、防疫中心及全世界科学研究中心免费开放线性时间算法 LinearFold 以及世界上现有最快的 RNA 结构预测网站,以提升新型冠状病毒RNA空间结构预测速度,从而助力疫情防控。据百度研究院科学家透露,LinearFold算法可将此次新型冠状病毒的全基因组二级结构预测从55 分钟缩短至27 秒,提速 120 倍,节省了两个数量级的等待时间。 防控疫情,众志成城。人工智能技术正被应用到疫情防控中来。几天前,百度宣布成立总规模3亿元疫情及公共卫生安全攻坚专项基金,用于支持新型冠状病毒等新疾病的治愈药物筛选、研发等一系列抗击疫情工作。同时提供人工智能技术支持,配套亿级计算资源,助力疾控机构、科研院所等研究单位进行研发提速。 本次可大大加快 RNA 结构预测速度的LinearFold算法,百度于2019年7月首次提出。该算法使得整序列、整基因组的 RNA 结构预测成为可能,也是 RNA 结构预测领域 40 年来第一次重大提速。这项工作发表于生物信息学顶级会议 ISMB 2019 和生物信息学权威杂志 Bioinformatics,受到了诸多业内专家的高度评价。 针对此次新型冠状病毒的基因组(长达 3 万个碱基),采用该算法,27秒就可以预测其结构。相较于经典算法,现在只需不到半分钟就可以拿到病毒的结构资料,提升基因检测