验证测序发现的低频率变异,能否验证出来呢?
WGS(30x)发现的5%的变异,用target测序验证时,很难验证不出来的。比如,对某炎症性疾病,检测其基因组变异,发现的5%的变异,target没有验证出来。 用target测序(10000x)发现的5%的突变,实验验证时,可以验证出来。比如,某癌症,用实验验证5%的突变,验证成功。 为何如此呢?原因有二: 一是WGS的测序深度太低,抽样太小,5%的变异很可能是错误所致;而target的测序深度高,变异能够被稳定地检出,5%的变异很可能是真的存在的。 二是炎症性疾病,本身就不是基因组变异所致的疾病,检测出的变异可能是误差所致。 来源: https://www.cnblogs.com/zypiner/p/11320563.html