dna提取

《全基因组测序在遗传病检测中的临床应用专家共识》 1:根据题目就知道专家们还是推荐全基因组测序，而不是全外显子，测序深度（通常>40X)，检测SNP、SV（包含CNV）以及线粒体变异 2:WGS可有效避免在相关基因组区域进行靶向富集时产生的技术偏差。在某些情况下不推荐使用WGS，如目标疾病致病基因的相当一部分变异类型不在WGS检测范围，例如Beckwith—Wiedemann综合征等基因印迹疾病;目标疾病致病基因存在同源区域等情况，如先天性肾上腺皮质增生(CYP21A2 基因相关)等。 3::WGS检测的局限性主要包括，(1)涉及高度重复或同源的基因组区域的检测及分析可能不准确。在染色体着丝粒DNA、着丝 粒旁的异染色质、端粒、亚端粒区问或线粒体基因 组等高度重复或同源的区间，较短的读长在与参考 基因组进行比对时可能存在不唯一性。这些区域还存在活跃的重组，也会增加比对难度。临床常见 的与高度重复或同源基因或基因组相关疾病包括耳聋(STRC基因相关)，先天性肾上腺皮质增生 (CYP21A2基因相关)，Lynch综合征(PMS2基因相关)等。（2)对于mtDNA变异识别存在局限性，需用特异性高的mtDNA检测方法进行验证。原因是线粒体基因组变异有杂质性的特点 由于线粒体基因组存在大量与核基因同源的序列，WGS 测序可能出现mtDNA变异假阳性

发现了我提取DNa的过程存在问题，能够跑出action 但是不能克隆出基因。老师给我解释了为什么，说是我的DNA质量不是很高。但是在接下来的时间我会解决这个问题。 和师姐一起去上面的实验室，看了定量PCR的使用，发现了人和人之间不同的解决问题的方法，我发现了师姐在发现问题的时候是靠自己去解决，让我想起了之前老师给我说的，一个研究生具备的能力是解决问题的能力，而不是靠着实验室现存的技术，去做出东西。在这方面，我要向我师姐学习。 然后晚上和老乡去看了，少年的你，收获还是很多的。再一次觉得找对一个男人的重要性，未来的世界是你们两个人一起营造的。 也和我的老乡沟通了她和舍友的相处方法，发现果真是一路人才有一路话，这一点她和王铮还是很像的。就是不要为了取悦别人而委屈自己。 话又多了一点，每次说话的时候都喜欢自带夸张的手法，确实也让人不是很喜欢，以后还是要多加改变。 来源： https://www.cnblogs.com/tudouwz/p/11746266.html

本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小哈 来源： 嘉因 大家都会做方便面，有人做辛拉面，有人做三鲜伊面，工艺有何不同？ 大家都会做RNA-seq，有人能筛出有意义的基因，有人能找出有价值的线索，有人。。。差别在哪？ 前五期介绍了回帖、均一化处理、差异基因筛选、画heatmap和富集分析的合理方法： 第五期：gene model ： 同样算read counts，为什么公司跟师兄算的结果不一样？| Ensembl、UCSC、Refseq，该用哪个 第一期：数据预处理 ： 同一套RNA-seq，为什么公司做的跟师兄跑的结果不一样？ | TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗？ 第二期：差异基因筛选 ： 同一套RNA-seq，公司筛出的差异基因跟师兄筛出的为什么不一样？| Pvalue, FDR, cutoff 第三期：heatmap ： heatmap画不好会得出错误结论 | 数据预处理、聚类分析，HCL、 K means里的讲究 第四期：富集分析 ： 富集分析，俩人做的结果差5岁 | 你用的注释文件有多老？ 本文先解决 去除rRNA的RNA-seq 问题，后面谈 ensembl基因组使用的注意事项 。 实验和分析去除 rRNA 通常做lncRNA-seq时会用到特殊的建库方式