调控

http://finance.sina.com.cn/chanjing/cyxw/20130918/111916798105.shtml 经济社会的发展总能找到类似的历史节点，因此，从略有超前的台北，可一窥北京房价的“未来”。 文|张亚雄 这几天有学者预测北京的房价25年后将达到80万每平米。这样的论调对于神经几近麻木的北京人民来说已经不再有大刺激，因为长期以来，无论在什么场合提到房价，立刻就会引发周围的讨论。房价，不是一个新鲜话题。 经济社会的发展总能找到类似的历史节点。不由得去寻找另一个城市的发展轨迹，希望能从异同中窥视到北京的未来。 为什么要看台北？因为同是中国人，具有相同文化的根底，对家庭有相同的传统观念，对消费和住房具有相同的心理状态。而经济发展经历的历史时期基本重合，略有超前，因此，与其他城市相比，更具有可比性和借鉴意义。 1992年，台湾人均GDP已达到1万美元，其经济成就曾位居亚洲四小龙前茅。2001年开始出现负增长，国际竞争力下降。即便如此，根据福布斯2012亚洲国家与地区人均GDP排名，台湾人均GDP为33,831美元，中国大陆人均GDP为7,240美元。台湾人民目前的平均生活水平毫无疑问高于大陆地区。 北京住房市场的成长轨迹在台北的历史中，隐约可见。 比比房价谁更高 先来看一下台北的房价。 据信义房屋统计，台北市房屋均价为3.8万人民币/平，一些好的区域如信义

长链非编码RNA（lncRNA） 转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_909da11301010bkz.html 长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子，它们并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。 lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明，lncRNA参与了 X 染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输 等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA（相应的蛋白编码RNA的比例是1%），虽然近年来关于lncRNA的研究进展迅猛，但是绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。 目前并不能仅根据序列或者结构来推测它们的功能，根据它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置，可以将其分为正义链(sense）、反义链（antisense）、双向（bidirectional）、内含子间(intronic）、基因间（intergenic）这5种类型。这种位置关系对于推测lncRNA的功能有很大帮助。 根据lncRNA在基因组上的位置，可将其分为5种类型：1. sense,

scRNA-seq做完该做的QC、normalization、imputation、clustering、trajectory和integration，就会开始做转录调控的分析了。 核心就是围绕着TF转录因子做文章 预测TF的靶基因 鉴定regulon 大部分都是高通量的预测，准确性有待论证，需要很好的实验验证设计。 预测的工具不要太多： MARINa — Andrea Califano - paper SCENIC 什么是regulon ？ 这是一个高通量测序后发明的词，其实就是被同一个调控元件（常见的就是TF）调控的一群基因的集合。 In molecular genetics, a regulon is a group of genes that are regulated as a unit, generally controlled by the same regulatory gene that expresses a protein acting as a repressor or activator. 我们可以从转录调控中看到造物主的影子。 看似简单，就一个中心法则，其实非常复杂，有很多细节。 Transcriptional Regulation and Its Misregulation in Disease 这篇综述必读，但凡是做转录调控的。 基本问题：

表观遗传学 转录因子 基本转录因子： TFIID 、 A 、 B 、 F 、 E 、 H 、 Pol II … 基转录因子具有稳定作用 组织特异性转录因子： GATA 、 EKLF 、 Bcl11A … 特异性是在特定组织中的细胞中时与细胞发育有关，组织特异性可用于制药 其它： FOG 、 CTCF 、 USF 、 Actin … TATA box ： ATATA 、 应用：诊断罕见病；转录结构作为克隆载体的信息，以前仅考虑 1kb 内的结构，因为发现成环 (3C 实验 ) ，所以现在也考虑远端原件，共同组成新的转录单元，比如 promoter 与 enhancer 之间的相互作用， promoter 与下游 promoter 之间的关系。 Insulator 起到隔离上游 enhancer 作用和绝缘旁边 promoter 作用。 LCR 于作用下游 enhancer 。必须满足基本组分都存在，而且能够相互作用，才能成环。 细胞不同发育时期的基因开启或关闭，蛋白质复合物可在上游调控这些基因开启或关闭。 Eg ： EKLF 打掉红细胞就不能运输氧气。 CTCF 组织染色体结构的作用，可以使得性染色体失活，作为检测疾病的指标。在转录过程中的情况： 调控基因印记，父源 gene 甲基化不能表达，母源 gene 有 CTCF （ impromoter ）没甲基化能表达： A-USF

做生物的想发文章怎么办？转录调控来解析（huyou）！ 最简单的情形： 1. 我在研究一个非常重要的基因A，功能已经做得差不多了，现在想深挖，第一步就是想知道哪个转录因子调控这个基因A； 2. 我发现了一个新颖的转录因子B，非常想知道这个TF到底在调控哪个基因。 研究方法不过几种： 1. RNA-seq分析差异基因，间接推测调控的转录因子。 2. 基于大量的ChIP-seq公共数据挖掘，用TF的抗体抓TF，同时抓下来TF结合的DNA，提取DNA，测序，就知道TF结合了哪些DNA，推测DNA附近的基因受该TF的调控。 3. motif分析预测，每个转录因子都有一个DNA结合结构域（DBD），喜欢结合在特定DNA序列上，也就是motif。去基因组上搜索motif所在的位置，其附近的基因就有可能受该TF的调控。 4. 做实验验证，DNase/ATAC-seq，用DNase-seq或ATAC-seq找开放区，预示着这样的区域有调控因子结合。在开放区找motif，如果有您感兴趣的TF的motif，那么这个TF很可能就在这里有结合，从而调控附近基因。 数据库： JASPAR CistromeDB数据库 Motif Scan footprintDB - 非常好用，当你有一段能结合DNA的蛋白序列（NCBI上通常有），就能搜出具有类似motif的TF。 什么是motif：