蛋白质组学

文献名：Mass Spectrometry-Compatible Subcellular Fractionation for Proteomics（质谱兼容的蛋白质组学的亚细胞分离） 期刊名： Jpornal of Proteome research 发表时间： （2020年1月） IF ： 4.173 单位： 熊本大学 京都大学 庆应大学 物种： 人的细胞 技术： 磷酸化蛋白质组学和蛋白质组学 一、 概述： （用精炼的语言描述文章的整体思路及结果） 本研究选取细胞进行免疫印迹法和间接免疫荧光法、NanoLC−MS进行磷酸化蛋白质组学和蛋白质组学研究。我们使用含有乙二醇EG和相转移表面活性剂PTS的RIPA缓冲液开发了蛋白质组学的新型亚细胞分离分离方法，我们首次确定了蛋白质亚细胞定位的调控磷酸化位点的候选对象。 二、 研究背景： （简要介绍研究进展动态、研究目的和意义） 真核细胞包含多个细胞器。为了观察其中的蛋白质定位，已使用RIPA缓冲液连续离心或与密度梯度法结合的超速离心进行亚细胞分离分离。这些传统的亚细胞分离方案分离效率高，但回收率低。此外，由于蛋白质含量低，以及与MS不相容的表面活性剂（例如Triton X-100和十二烷基硫酸钠SDS），很难将这些分离的样品直接用于基于液相色谱-质谱的蛋白质组学

前言 之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及，虽然是2016-2017年的课程，但内容并未过时，对我自己也大有益处。虽然其中一些内容有重复，但我也不想再进行整理了。因为笔记链接只有微信稿，担心后期会失效，所以这里只是简单地拷贝过来，以供复习之用。 笔记汇总 1. 蛋白质组学研究方法概述（上） 1. 蛋白质组学研究方法概述（下） 2. 蛋白质组学样品前处理（1） 2. 蛋白质组学样品前处理（2） 2. 蛋白质组学样品前处理（3） 2. 蛋白质组学样品前处理（4） 3. 蛋白质谱的原理及使用（1） 3. 蛋白质谱的原理及使用（2） 3. 蛋白质谱的原理及使用（3） 3. 蛋白质谱的原理及使用（4） 4. 蛋白质组学数据分析基础（1） 4. 蛋白质组学数据分析基础（2） 4. 蛋白质组学数据分析基础（3） 课程介绍 1.授课教师 库鑫 博士，2007年毕业于华中科技大学同济医学院，获学士学位。同年9月被保送至中科院上海药物研究所并于2010年取得硕士学位。2010年10月至2014年6月在德国慕尼黑工业大学（Technische Universität München）生物分析与蛋白质组学研究所（Prof. Bernhard Kuster

文献名： Global Proteomic Analysis of Lysine Succinylation in Zebrafish ( Danio rerio )（斑马鱼赖氨酸琥珀酰化的全球蛋白质组学分析（斑马鱼）） 期刊名： Journal of Proteome Research 发表时间： （ 2019 年 10 月） IF ： 3.86 单位： 庆北国立大学 国立首尔科学技术大学 中国科学院上海药物研究所 物种： 斑马鱼 技术： 全蛋白质组学 一、 概述： （用精炼的语言描述文章的整体思路及结果） 本研究使用基于质谱的蛋白质组学技术和免疫沉淀技术富集赖氨酸琥珀酰化（ Ksu ）肽段，进行了斑马鱼的 Ksu 全谱分析。结果在 164 种蛋白质中鉴定了 552 个 Ksu 位点，发现 Ksu 在多种代谢过程（例如碳代谢和三羧酸环）中起着重要作用。此外，本研究还定义了五个新的琥珀酰化基序：（ su ） KA ，（ su ） KxxxxA ，（ su ） KxxxxL ，（ su ） KxA 和（ su ） KxV 。总之，本研究结果提供了一个蛋白质组范围的数据库来研究斑马鱼中的 Ksu ，促进了我们对 Ksu 在代谢途径中的作用的了解。 二、 研究背景： （简要介绍研究进展动态、研究目的和意义） 赖氨酸琥珀酰化（ Ksu ）是一种可逆翻译后修饰，从原核生物到真核生物都是保守的