find_circ的使用教程
1.find_circ的安装 #find_circ需要运行在装有python 2.7的64位系统上，同时需要安装numpy和pysam这两个python模块。其运行需要借助bowtie2和samtools来完成基因组mapping的过程。 wget https://github.com/marvin-jens/find_circ/archive/v1.2.tar.gz tar -xzvf v1.2.tar. gz 2.参考基因组的下载 #通过fetch_ucsc.py下载ucsc最新版本的参考基因组 fetch_ucsc.py hg19/hg38/mm9/mm10 ref/kg/ens/fa out 3.bowtie2建立参考基因组索引 bowtie2_build hg38.fa hg38 4.基于RNA-Seq的基因组比对（pair-end模式） ### bowtie2 参数介绍 ### -p 使用多线程；--very-sensitive 允许多重比对，报告出最好的一个；--score-min=C,-15,0 设置比对分数函数；--mm 设置I/O模式。 ### samtools view 参数介绍 ### -h 文件包含header line；-b 输出bam格式；-u 输出非压缩的bam格式 –S 忽略版本兼容 bowtie2 -p 16 --very-sensitive -