biojava

Java之NIO,BIO,AIO

笑着哭i 提交于 2020-12-16 08:40:17
Hollis知识星球的一些学习笔记,有兴趣的朋友可以微信搜一下 什么是NIO 什么是IO? 它是指计算机与外部世界或者一个程序与计算机的其余部分的之间的接口。它对于任何计算机系统都非常关键,因而所有 I/O 的主体实际上是内置在操作系统中的。单独的程序一般是让系统为它们完成大部分的工作。 在 Java 编程中,直到最近一直使用 流 的方式完成 I/O。所有 I/O 都被视为单个的字节的移动,通过一个称为 Stream 的对象一次移动一个字节。流 I/O 用于与外部世界接触。它也在内部使用,用于将对象转换为字节,然后再转换回对象。 什么是NIO? NIO 与原来的 I/O 有同样的作用和目的, 他们之间最重要的区别是数据打包和传输的方式。原来的 I/O 以流的方式处理数据,而 NIO 以块的方式处理数据。 面向流 的 I/O 系统一次一个字节地处理数据。一个输入流产生一个字节的数据,一个输出流消费一个字节的数据。为流式数据创建过滤器非常容易。链接几个过滤器,以便每个过滤器只负责单个复杂处理机制的一部分,这样也是相对简单的。不利的一面是,面向流的 I/O 通常相当慢。 一个 面向块 的 I/O 系统以块的形式处理数据。每一个操作都在一步中产生或者消费一个数据块。按块处理数据比按(流式的)字节处理数据要快得多。但是面向块的 I/O 缺少一些面向流的 I/O 所具有的优雅性和简单性。

甲骨文:有史以来最伟大的 25 个 Java 应用程序

梦想的初衷 提交于 2020-08-08 10:13:22
云栖号资讯:【 点击查看更多行业资讯 】 在这里您可以找到不同行业的第一手的上云资讯,还在等什么,快来! 摘要: 从太空探索到基因组学,从反向编译器到机器人控制器,Java 都是当今世界的核心。下面将介绍几个从众多 Java 应用程序中脱颖而出的优秀应用。 Java 的故事始于 1991 年,当时 Sun Microsystems 试图将其在计算机工作站市场的领先地位扩展到新兴且发展迅速的个人电子产品市场。几乎没有人预料到 Sun 即将创建的编程语言会使计算大众化,激发了一个全球范围的社区,并成为了一个由语言、运行时平台、SDK、开源项目以及许多工具组成的持久软件开发生态系统的平台。经过 James Gosling 领导的数年秘密开发之后,Sun 于 1995 年发布了具有里程碑意义的“一次编写,随处运行” 的 Java 平台,并将重点从最初的交互式电视系统设计转到了新兴的万维网应用程序上。在本世纪初,Java 就已经开始为从智能卡到太空飞行器的一切制作动画了。 如今,数以百万计的开发人员在使用 Java 编程, Java 仍然在以越来越快的步伐向前发展。在 Java 诞生 25 周年之际,Java Magazine(Oracle 的双月刊)联合 Oracle Java 开发团队,共同撰文回顾 Java 是如何塑造我们这个星球的。 以下是迄今为止,最具创意和影响力的 25 个

biojava Exception in thread “main” java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException:

早过忘川 提交于 2019-12-25 02:55:09
问题 I have problem with multiple sequence alignement. I have two sequences as follow and I m trying to align them using biojava methods and I get error like this. I have no idea what is wrong. I know that sequences are not the same length but it should not matter. GSKTGTKITFYEDKNFQGRRYDCDCDCADFHTYLSRCNSIKVEGGTWAVYERPNFAGYMYILPQGEYPEYQRWMGLNDRLSSCRAVHLPSGGQYKIQIFEKGDFSGQMYETTEDCPSIMEQFHMREIHSCKVLEGVWIFYELPNYRGRQYLLDKKEYRKPIDWGAASPAVQSFRRIVE