无标定量|有标定量|谱图计数|XIC|AMT数据库|RT对对齐|母离子|子离子|SILVER|SRM|iBAQ|APEX|差异蛋白筛选|MaxQuant|PANDA|C-HPP
生物医学大数据 - 蛋白质定量 现今肽段定量效率存在巨大差异。比如相同质量蛋白质,但是肽段和蛋白信号不均一,在物理条件一致时,仅有 70% 的重复率,并且当重复次数变多时, overlapping 在变少。 无标定量法 方法一是针对二级色谱的谱图计数,即统计二级色谱的数量,数量越多则蛋白丰度越高,但相同丰度蛋白也有不同的二级色谱数,所以算法目的是减少噪音。 方法二是针对一级色谱的离子流色谱峰 XIC ,即每个肽段的离子流色谱峰,可以取同一个肽段不同时间点上的信号强度,连接成峰,通过求该曲线的曲线下面积获取曲线信息,通过采集同一个肽段的所有信息利用交叉搜索策略,相互比对后填补丢失量: 在交叉搜索策略中,使用 RT 对对齐,分别是全局比对和局部比对,最后为了克服系统误差而进行归一化处理,比如 max 归一化是指将一组数据中的最大值定为 1 ,每组都是同样标准。可以基于谱图数据库找到该二级色谱对应的序列,也可以统一过一级图谱的特征搜索 AMT 数据库。 基因组与蛋白质在实验技术上的差异,基因组测序重复性好,但是蛋白质质谱实验可重复性低。 脚本串接 software 无标定量软件,常用的 XIC 无标定量软件有 : LFQuant 可以对谱图数据进行多级过滤,保留时间对齐和有较好的准确性评估和重复性评估 谱图计数速度快但是精度低和动态范围小,而 XIC 主要采用搜库能省时且准确