Use groupby
and cumcount
:
df['unique'] = df.groupby(['bins_x','bins_y']).cumcount()
>>> df.sort_values(['bins_x', 'bins_y']).head(10)
bins_x bins_y z unique
207 1 1 4 0
259 1 1 313 1
327 1 1 300 2
341 1 1 64 3
440 1 1 398 4
573 1 1 96 5
174 1 2 219 0
563 1 2 398 1
796 1 2 417 2
809 1 2 167 3