You need to specify what you want (total, rows, columns):
set.seed(123)
dat=data.frame(Year=rep(2001:2010,10),Var=rnorm(100,200,50)>198)
prop.table(table(dat$Year,dat$Var)) #% of total
FALSE TRUE
2001 0.04 0.06
2002 0.06 0.04
2003 0.05 0.05
2004 0.04 0.06
2005 0.06 0.04
2006 0.03 0.07
2007 0.03 0.07
2008 0.05 0.05
2009 0.05 0.05
2010 0.06 0.04
prop.table(table(dat$Year,dat$Var),1) #% rows
FALSE TRUE
2001 0.4 0.6
2002 0.6 0.4
2003 0.5 0.5
2004 0.4 0.6
2005 0.6 0.4
2006 0.3 0.7
2007 0.3 0.7
2008 0.5 0.5
2009 0.5 0.5
2010 0.6 0.4
prop.table(table(dat$Year,dat$Var),2) #% columns
FALSE TRUE
2001 0.08510638 0.11320755
2002 0.12765957 0.07547170
2003 0.10638298 0.09433962
2004 0.08510638 0.11320755
2005 0.12765957 0.07547170
2006 0.06382979 0.13207547
2007 0.06382979 0.13207547
2008 0.10638298 0.09433962
2009 0.10638298 0.09433962
2010 0.12765957 0.07547170