I used doxygen this way:
/** @cond */
jQuery(function($){
$.fn.TestFunction = function(){ testvar="test1";test("test2");alert(testvar); }
/** @endcond */
/** DoSth Function */
function test(testvar)
{
alert(testvar);
var testvar="test3";
alert(testvar);
}
/** @cond */
delete test;
});
/** @endcond */